生物导体实验数据包

Bioconductor版本:3.14

维护人员 标题
ABAData 施特菲·格罗特 人类大脑区域平均基因表达艾伦脑图谱
adductData 乔西海耶斯 血清白蛋白Cys34修饰的非靶向质谱数据
affycompData 哈里斯贾菲 affycomp数据
affydata 哈里斯贾菲 演示用Affymetrix数据
Affyhgu133A2Expr 志诚记 Affymetrix人类基因组U133A 2.0阵列(GPL571)表达数据包
Affyhgu133aExpr 志诚记 Affymetrix Human hgu133a Array (GPL96)表达数据包
Affyhgu133Plus2Expr 志诚记 Affyhgu133Plus2Expr (GPL570)表达式数据包
AffymetrixDataTestFiles 亨利克·本特松 用于测试的Affymetrix数据文件(CEL, CDF, CHP, EXP, PGF, PSI)
Affymoe4302Expr 志诚记 Affymetrix小鼠基因组4302.0阵列(GPL1261)表达数据包
气道 迈克尔的爱 气道平滑肌细胞中RNA-Seq的范围总结实验,由Himes等人,PLoS One 2014
所有 罗伯特先生 一个数据包
ALLMLL B. M.博尔斯塔德 来自大型急性淋巴细胞白血病(ALL)研究的阵列子集
alpineData 迈克尔的爱 高山包小插图的数据
AmpAffyExample 拉斐尔·a·伊瑞扎里 放大数据的例子
AneuFinderData 亚伦Taudt 用于演示目的的WGSCS数据
antiProfilesData 赫克托·科拉达·布拉沃 正常结肠癌和癌症的预处理affy数据用于构建antiProfile。
aracne.networks 费德里科·m·乔吉,马里亚诺·阿尔瓦雷斯 来自TCGA肿瘤数据集的aracne推断基因网络
ARRmData 让-菲利普•福丁 Illumina 450k甲基化数据规范化的示例数据集
AshkenazimSonChr21 向谁投诉 21号染色体变异,19号人类基因组,德系三子样本
ASICSdata 流行Lefort ASICS包的一维核磁共振谱数据示例
AssessORFData Deepank Korandla 评估orf包的数据和文件
bcellViper 马里亚诺·哈维尔·阿尔瓦雷斯 人b细胞转录相互作用组和正常人b细胞表达数据
beadarrayExampleData 马克·邓宁 beadarray包的示例数据
BeadArrayUseCases 迈克•史密斯 利用Bioconductor分析Illumina BeadArray的表达数据
BeadSorted.Saliva.EPIC Jonah Fisher Illumina EPIC数据吸附成人唾液细胞
benchmarkfdrData2019 斯蒂芬妮·希克斯 Korthauer和Kimes等人(2019)的数据和基准测试结果
beta7 让杨 罗德里格斯等人(2004)记忆/效应T辅助细胞携带肠归巢受体整合素alpha4 beta7的差异基因表达。
BioImageDbs Satoshi Kume 用于机器学习和深度学习的生物和生物医学成像数据集(用于ExperimentHub)
biotmleData 尼玛赫亚兹 “biotmle”R包的实验微阵列数据集示例
biscuiteerData “雅各莫里森” 数据包饼干
bladderbatch Jeffrey T. Leek 膀胱基因表达数据说明批量效应
blimaTestingData Vojtech Kulvait 测试包bla的数据。
BloodCancerMultiOmics2017 马格达雷娜ole Dietrich S, Oles M, Lu J等“基于药物扰动的血癌分层”实验数据和完整分析
bodymapRat 斯蒂芬妮·希克斯 来自大鼠身体地图项目的实验数据集
brainImageRdata 莎拉链接器 用于BrainImageR的图像掩码和表情数据
breakpointRdata 大卫Porubsky 用于演示目的的Strand-seq数据
breastCancerMAINZ 马库斯·施罗德,本杰明·海贝-凯恩 Schmidt等人[2008]发表的基因表达数据集(MAINZ)。
breastCancerNKI 马库斯·施罗德,本杰明·海贝-凯恩 van't Veer等人[2002]和van de Vijver等人[2002](NKI)发表的Genexpression数据集。
breastCancerTRANSBIG 马库斯·施罗德,本杰明·海贝-凯恩 Desmedt等人[2007](TRANSBIG)发表的基因表达数据集。
breastCancerUNT 马库斯·施罗德,本杰明·海贝-凯恩 Sotiriou等人[2007](UNT)发表的基因表达数据集。
breastCancerUPP 马库斯·施罗德,本杰明·海贝-凯恩 Miller等[2005]发表的基因表达数据集(UPP)。
breastCancerVDX 马库斯·施罗德,本杰明·海贝-凯恩 Wang等人[2005]和Minn等人[2007]发表的基因表达数据集(VDX)。
brgedata 悲哀Pelegri-Siso 用于说明目的的暴露、基因表达和甲基化数据
bronchialIL13 文斯凯里 时间过程实验涉及il13
bsseqData 卡斯珀·丹尼尔·汉森 bsseq包的全基因组亚硫酸氢盐数据示例
cancerdata 丹尼尔Kosztyla 从高维分子数据开发和验证诊断测试:数据集
CardinalWorkflows 凯莉·a·贝米斯 枢机质谱成像包的数据集和工作流程
ccdata 亚历克斯·皮克林 组合连接映射(ccmap)包数据
亚兰 奥黛丽考夫曼 四氯化碳(CCl4)处理肝细胞
ccTutorial Joern Toedling ChIP-chip教程的数据包
celarefData 莎拉·威廉姆斯 处理scRNA数据用于celaref - Vignette -细胞标记
celldex 亚伦Lun 单元格类型参考索引
CellMapperData 布拉德那里提取 与CellMapper包一起使用的预处理数据
ChAMPdata 元田 数据包ChAMP包
ChIC.data 卡门·玛丽亚·利维 ChIC包数据
ChimpHumanBrainData 肖恩·戴维斯 黑猩猩和人类大脑的数据包
chipenrich.data 雷蒙德·g·卡瓦尔坎特 陪伴包到chipenrich
ChIPexoQualExample 雷内·韦尔奇 ChIPexoQual包的示例数据,它实现了ChIP-exo数据的质量控制管道
chipseqDBData 亚伦Lun chipseqDB工作流的数据
ChIPXpressData 乔治·吴 ChIPXpress预建数据库
chromstaRData 亚伦Taudt 用于演示目的的ChIP-seq数据
慢性淋巴细胞白血病 罗伯特先生 CLL基因表达数据包
CLLmethylation Malgorzata Oles, Andreas Mock PACE项目主要CLL样品甲基化数据
CluMSIDdata 托拜厄斯Depke clclsid包的数据
clustifyrdatahub 瑞福 ExperimentHub中clustifyr的外部数据集
cMap2data j . Saez-Rodriguez 连通性地图(版本2)数据
cnvGSAdata 约瑟夫·卢戈 cnvGSA包的小插图中使用的数据
COHCAPanno 查尔斯·沃登 希望之城CpG岛分析管道注释
colonCA 西尔维亚·默克 Alon et al.(1999)结肠癌数据的expresset
CONFESSdata 戴安娜低 CONFESS包的示例数据集
ConnectivityMap 保罗·香农 通过常见基因表达变化揭示的药物、基因和疾病之间的功能联系
COPDSexualDimorphism.data J Fah Sathirapongsasuti 支持基因表达和甲基化的性别二态和COPD差异分析的数据。
CopyhelpeR 奥斯卡Krijgsman 帮助文件的文案
CopyNeutralIMA Xavier Pastor Hostench 复制中性Illumina甲基化阵列
COSMIC.67 朱利安格林 COSMIC.67
CRCL18 克劳迪奥·Isella CRC单元数据集
curatedAdipoArray 马哈茂德•艾哈迈德 遗传和药理学扰动下mdi诱导分化脂肪细胞(3T3-L1)的策划微阵列数据集
curatedAdipoChIP 马哈茂德•艾哈迈德 mdi诱导分化脂肪细胞(3T3-L1)的ChIP-Seq数据集
curatedAdipoRNA 马哈茂德•艾哈迈德 mdi诱导分化脂肪细胞(3T3-L1)的策展RNA-Seq数据集
curatedBladderData 马库斯·里斯特 膀胱癌基因表达分析
curatedBreastData 凯蒂Planey 与生存和治疗信息一起策划乳腺癌基因表达数据
curatedCRCData Princy Parsana 结直肠癌基因表达分析
curatedMetagenomicData 卢卡斯希弗 人类微生物组的宏基因组数据
curatedOvarianData 李维沃尔德伦 卵巢癌转录组的临床注释数据
curatedTBData Xutao王 现有49项结核病转录组研究的整理
curatedTCGAData 马塞尔·拉莫斯 来自癌症基因组图谱(TCGA)作为多分析实验对象的策展数据
DAPARdata 撒母耳Wieczorek DAPAR和Prostar包附带的数据
davidTiling 沃尔夫冈•休伯 David, Huber等人酵母平铺阵列论文的数据和分析脚本
depmap 劳伦特与 癌症依赖地图数据包
derfinderData 莱昂纳多Collado-Torres 以BrainSpan处理BigWigs为例
DeSousa2013 新王 预后差的结肠癌是由一个分子不同的亚型和前体病变定义的
DExMAdata 胡安·安东尼奥Villatoro-García 数据包为DExMA包
diffloopdata 迦勒Lareau 示例diffloop包的ChIA-PET数据集
diggitdata 马里亚诺·哈维尔·阿尔瓦雷斯 diggit包的示例数据
DLBCL 马库斯> 弥漫性大b细胞淋巴瘤表达数据
DmelSGI 迈克•史密斯 论文“后生动物细胞定向遗传相互作用图”的实验数据和文档源代码
DMRcatedata Tim Peters DMRcate的数据包
DonaPLLP2013 约瑟夫·d·巴里 Dona等人(2013)的补充数据包,包含示例图像和表格
多萝西娅 季米特洛夫丹尼尔 人类和老鼠TF规则的集合
DREAM4 保罗·香农 来自2009年DREAM4挑战的基因调控网络推理的合成表达数据
dressCheck 文森特·凯里 用于检查Dressman JCO 25(5) 2007的数据和软件
DropletTestFiles 亚伦Lun 单细胞液滴实用程序测试文件
DrugVsDiseasedata j . Saez-Rodriguez 药物与疾病数据
DuoClustering2018 安吉洛二人组 数据、聚类结果和可视化函数来自Duò等(2018)
DvDdata j . Saez-Rodriguez 药物与疾病数据
dyebiasexamples 菲利普Lijnzaad 偏染包的示例数据,实现了GASSCO方法。
easierData 奥斯卡Lapuente-Santana IMvigor210CoreBiologies包中的更简单的内部数据和示例数据集
EatonEtAlChIPseq 帕特里克Aboyoun 酵母中orc结合位点的ChIP-seq数据摘自Eaton et al. 2010
ecoliLeucine Laurent Gautier Affymetrix大肠杆菌芯片的实验数据
EGSEAdata 妈Alhamdoosh 基因集集合的EGSEA包
ELMER.data Tiago Chedraoui Silva ELMER包的数据
emtdata Malvika D. Kharbanda 一个关于上皮细胞向间充质细胞转变(EMT)数据集的实验包
雌激素 沃尔夫冈•休伯 微阵列数据集,可用于2x2阶乘设计的例子
etec16s 约瑟夫·n·保尔森 人肠道菌群在与产肠毒素大肠杆菌挑战和随后环丙沙星治疗后的个体特异性变化
ewceData 艾伦•墨菲 ewceData提供了ewce所需的参考数据
faahKO 史蒂芬诺依曼 Saghatelian等(2004)FAAH敲除LC/MS数据
fabiaData 然而Hochreiter FABIA(双簇采集因子分析)数据集
FANTOM3and4CAGE Vanja Haberle CAGE数据来自FANTOM3和FANTOM4项目
ffpeExampleData 李维沃尔德伦 Illumina DASL示例微阵列数据
fibroEset 西尔维娅默克 Karaman et al.(2003)成纤维细胞数据
FieldEffectCrc 克里斯托弗·丹皮尔 肿瘤、肿瘤邻近正常和健康的结直肠转录组作为总结实验对象
金融中间人 Herbert Braselmann, Martin Selmansberger 人类功能交互(FIs)的splineTimeR包
裂变 迈克尔的爱 裂变酵母对应激反应的时间过程RNA-Seq实验,由Leong等人,Nat Commun 2014。
Fletcher2013a 毛罗·卡斯特罗 FGFR2信号干扰下乳腺癌细胞的基因表达数据
Fletcher2013b 毛罗·卡斯特罗 掌握FGFR2信号转导和乳腺癌风险的调控因子
flowPloidyData 泰勒史密斯 流式细胞仪数据
FlowSorted.Blood.450k 安德鲁·E·杰夫 Illumina人类甲基化数据的分类血细胞群
FlowSorted.Blood.EPIC 卢卡斯·a·萨拉斯 Illumina EPIC免疫磁分选成人外周血细胞数据
FlowSorted.CordBlood.450k 珊·v·安德鲁斯 Illumina 45万分选脐带血细胞数据
FlowSorted.CordBloodCombined.450k 卢卡斯·a·萨拉斯 Illumina 450k/EPIC关于FACS和MACS脐血细胞的数据
FlowSorted.CordBloodNorway.450k 克里斯蒂娜gervin Illumina人类甲基化数据的分类脐带血细胞群
FlowSorted.DLPFC.450k 安德鲁·E·杰夫 人类分类额叶皮层细胞群的甲基化数据
flowWorkspaceData 迈克江 一个数据包包含两个flowJo,一个diva xml工作空间和相关的fcs文件,以及三个gatingset用于测试flowWorkspace, openCyto和巨细胞包。
frmaExampleData 马修·n·麦高 示例数据
furrowSeg 约瑟夫·巴里 沟分割
gageData Weijun罗 测量包的辅助数据
gaschYHS 文斯凯里 表达酵母对热休克和其他环境压力的反应
gatingMLData j . Spidlen gate - ml测试套件的数据和XML文件
gcspikelite 马克。罗宾逊 标记内GC/MS数据和方法的插入数据
geneLenDataBase 马修·杨,纳迪亚·戴维森 许多基因组的mRNA转录本的长度
genomationData Vedran因特网 显示基因组包功能的实验数据
GenomicDistributionsData Kristyna Kupkova 参考数据的基因组分布包
GeuvadisTranscriptExpr 马格达雷娜Nowicka 来自GEUVADIS项目的包含转录本表达和双等位基因型的数据包
GIGSEAdata 家朱 基因集集合的GIGSEA包
golubEsets 文斯凯里 golub白血病数据的exprSets
gpaExample 东峻涌 GPA包的示例数据(结合多效性和注释的遗传分析)
grndata 加索尔Bellot 基因调控网络推理的合成表达数据
GSBenchMark Bahman艾弗里 基因集基准
GSE103322 马里亚诺·阿尔瓦雷斯 GEO接入数据GSE103322作为一个singlecelexperiment
GSE13015 Darawan Rinchai GEO加入数据GSE13015_GPL6106作为总结实验
GSE159526 维克多元 来自GEO接入GSE159526的胎盘细胞DNA甲基化数据
GSE62944 生物导体包维护者 GEO加入数据GSE62944作为总结实验
GSVAdata 罗伯特Castelo 在GSVA包的小插图中使用的数据
GWASdata 斯蒂芬妮·高加滕,埃德里安娜·斯蒂普 GWASTools包的示例和小插图中使用的数据
h5vcData 保罗·西奥多·派尔 h5vc包样例数据
hapmap100khind Benilton卡瓦略 样本数据- Hapmap 100K HIND Affymetrix
hapmap100kxba Benilton卡瓦略 样本数据- Hapmap 100K XBA Affymetrix
hapmap500knsp Benilton卡瓦略 样本数据- Hapmap 500K NSP Affymetrix
hapmap500ksty Benilton卡瓦略 样本数据- Hapmap 500K STY Affymetrix
hapmapsnp5 Benilton卡瓦略 样本数据- Hapmap SNP 5.0 Affymetrix
hapmapsnp6 Benilton卡瓦略 样本数据- Hapmap SNP 6.0 Affymetrix
harbChIP VJ凯里 实验数据包:harbChIP
HarmanData 杰森·罗斯 哈曼包的数据
HarmonizedTCGAData 马天乐 对五种癌症类型的TCGA数据进行协调处理
HCAData 费德里科•马里尼 在R/Bioconductor中访问人类细胞图谱的数据集
HD2013SGI 迈克•史密斯 用RNAi和多参数表型绘制人类癌细胞的遗传相互作用
HDCytoData 卢卡斯·m·韦伯 以Bioconductor对象格式收集高维细胞仪基准数据集
healthyFlowData Ariful Azad flowMatch包使用的健康数据集
HEEBOdata 艾格尼丝Paquet HEEBO设置和HEEBO控件。
HelloRangesData 迈克尔•劳伦斯 HelloRanges教程小插图的数据
hgu133abarcodevecs 马修·n·麦高 Hgu133a条码数据
hgu133plus2barcodevecs 马修·n·麦高 Hgu133plus2条码数据
hgu133plus2CellScore 南希Mah CellScore标准细胞类型表达数据集[hgu133plus2]
hgu2beta7 生物导体包维护者 包含hgu2beta7的注释数据的数据包
HiCDataHumanIMR90 尼古拉斯的仆人 人IMR90成纤维细胞HiC数据来自Dixon等,2012
HiCDataLymphoblast Borbala Mifsud 人类淋巴母细胞HiC数据来自Lieberman-Aiden et al. 2009
HighlyReplicatedRNASeq 江诗丹顿Ahlmann-Eltze 收集大量重复RNA-Seq实验
Hiiragi2013 Andrzej ole 细胞与细胞之间的表达变异性伴随信号强化逐渐分离早期小鼠谱系
HIVcDNAvantWout03 克里斯Fraley T细胞系感染HIV-1 LAI (BRU)
HMP16SData 卢卡斯希弗 来自人类微生物组计划的16S rRNA测序数据
HMP2Data 约翰·斯坦斯菲尔德,叶卡捷琳娜·斯米尔诺娃 16s rRNA测序数据来自人类微生物组项目2
HSMMSingleCell 科尔杰尔 人骨骼肌成肌细胞(HSMM)的单细胞RNA-Seq鉴定
HumanAffyData 布拉德那里提取 GEO接入GSE64985和ArrayExpress接入E-MTAB-62作为ExpressionSet对象
humanStemCell r .绅士 人类干细胞时间课程实验
IHWpaper Nikos Ignatiadis 在IHW纸上复制数字
Illumina450ProbeVariants.db 蒂芙尼莫里斯 来自Illumina HumanMethylation450珠子芯片探针1000基因组计划的不同数据的注释包
IlluminaDataTestFiles 卡斯珀·丹尼尔·汉森 Illumina微阵列文件(IDAT)用于测试
imcdatasets 尼古拉斯Damond 收集公开可用的成像大规模细胞术(IMC)数据集
ITALICSData Guillem Rigaill ITALICSData
Iyer517 文斯凯里 Iyer, Eisen等1999年科学论文的表达式集
JASPAR2014 通用电气谭 用于JASPAR的数据包
JASPAR2016 通用电气谭 JASPAR 2016的数据包
KEGGandMetacoreDzPathwaysGEO Gaurav巴蒂 来自GEO的疾病数据集
KEGGdzPathwaysGEO Gaurav巴蒂 KEGG疾病数据集来自GEO
kidpack 沃尔夫冈•休伯 DKFZ肾包
KOdata Shana白 LINCS剔除数据包
leeBamViews VJ凯里 leeBamViews -多个酵母RNAseq样本摘自Lee 2009
leukemiasEset 莎拉Aibar 白血病基因芯片表达数据(expressionSet)。
LiebermanAidenHiC2009 菲利克斯•克莱因 数据选自E. Lieberman-Aiden et al. in Science(2009)的HiC论文
ListerEtAlBSseq 卡马尔•基 H1和IMR90细胞系的BS-seq数据摘自Lister et al. 2009
LRcellTypeMarkers 文晶马 LRcell R Bioconductor包标记基因信息
lumiBarnes 杜潘 Barnes Benchmark Illumina组织滴定数据
LungCancerACvsSCCGEO 阿迪·劳伦提乌·塔尔卡 肺癌数据集,可与maPredictDSC包一起使用,用于从Affymetrix CEL文件开发结果预测模型。
LungCancerLines 科里巴尔 从两个肺癌细胞系中读取
lungExpression 罗伯特Scharpf Parmigiani等人,2004年临床癌症研究论文
lydata 亚历克斯·皮克林 crossmeta Package的示例数据集
M3DExampleData 塔卢拉安德鲁斯 M3Drop示例数据
巨噬细胞 迈克尔的爱 人巨噬细胞免疫反应
MACSdata 羌胡 测试MACSr包的数据集
mammaPrintData 路易吉马尔基奥尼 来自Glas和Buyse乳腺癌研究的rglist
mAPKLData 萨凯拉里欧Argiris 基因表达数据的检测包mAPKL。
maqcExpression4plex Benilton卡瓦略 样品表达数据- MAQC / HG18 - NimbleGen
MAQCsubset VJ凯里 实验数据包:maqc子集
MAQCsubsetILM 劳伦特与 用于Illumina平台的MAQC数据子集
mCSEAdata Jordi Martorell Marugán 数据包为mCSEA包
mcsurvdata Adria Caballe Mestres 元队列生存数据
MEDIPSData 卢卡斯查韦斯 MEDIPS和QSEA包的示例数据
MEEBOdata 艾格尼丝Paquet MEEBO设置和MEEBO控件。
MetaGxBreast 本杰明Haibe-Kains 乳腺癌转录组数据集
MetaGxOvarian 本杰明Haibe-Kains 卵巢癌转录组数据集
MetaGxPancreas 本杰明Haibe-Kains 胰腺癌转录组数据集
metaMSdata Yann Guitton 使用实例metaMS包的CDF数据
MethylAidData M. van Iterson methylaid总结了2800个Illumina 450k阵列样本和2620个EPIC阵列样本的数据
methylclockData 悲哀Pelegri-Siso 甲基时钟包的数据
MethylSeqData 彼得希 收集公共DNA甲基化测序数据集
microbiomeDataSets 狮子座拉赫蒂 基于微生物组数据集的实验中心
microRNAome 马修·n·麦高 摘要实验为microRNAome项目
MIGSAdata 胡安·c·罗德里格斯 MIGSA小插图数据
minfiData 卡斯珀·丹尼尔·汉森 Illumina甲基化450k阵列的示例数据
minfiDataEPIC 卡斯珀·丹尼尔·汉森 Illumina甲基化EPIC阵列的示例数据
minionSummaryData 迈克•史密斯 总结了Ashton等人2015年发表的MinION测序数据
miRcompData 马修·n·麦高 miRcomp包中使用的数据
miRNATarget Y-h。田口方法 用于MiRaGE包的人/小鼠miRNA基因靶表
MMAPPR2data 乔纳森山 MMAPPR2的示例数据
MMDiffBamSubset Gabriele Schweikert 使用实例MMDiff包的ChIP-Seq数据
MOFAdata 布丽塔一起创造Velten 多组学因子分析(MOFA)数据包
mosaicsExample 东峻涌 mosaics包的示例数据,实现了mosaics和mosaics - hmm,这是一个统计框架,用于分析单样本或双样本ChIP-seq数据,用于转录因子结合和组蛋白修饰
mouse4302barcodevecs 马修·n·麦高 Mouse4302数据用于条形码
MouseGastrulationData 乔纳森·格里菲思 小鼠原肠形成和早期器官发生的单细胞组学数据
MouseThymusAgeing 迈克•摩根 衰老小鼠胸腺的单细胞转录组学数据
msd16s 约瑟夫·n·保尔森 健康中重度腹泻16S表达数据
msdata Steffen Neumann, Laurent Gatto 各种质谱原始数据示例文件
msigdb Dharmesh D. Bhuva 分子特征数据库(MSigDB)的实验包
MSMB 沃尔夫冈•休伯 《生物学现代统计学》一书的数据集
msPurityData 托马斯·n·劳森 碎片谱库和数据测试mspsecurity包
msqc1 基督教Panse Sigma混合MSQC1数据
MSstatsBioData 之一Meena崔 已发表的DDA或SRM实验生物学研究数据集
mtbls2 史蒂芬诺依曼 代谢产物MTBLS2:硝酸银处理拟南芥野生型和cyp79B2 cyp79B3双敲除植物叶片的LC/ ms比较分析Böttcher et al. (2004)
MUGAExampleData 丹尼尔•加蒂 示例{M}使用{U}通用{G}分型{A}数组数据进行基因组重建和定量性状位点定位。
muscData 海伦娜·l·克罗威尔 多样本多组scRNA-seq数据
mvoutData VJ凯里 Affy和illumina原始数据评估离群点探测器的性能
NanoporeRNASeq 陈应 nanoore RNA-Seq示例数据
纳米管 马尔特Thodberg 小鼠纳米管CAGE数据
NCIgraphData 洛朗•雅各布 NCIgraph软件包的数据
NestLink Lennart Opitz NestLink是一个R数据包,用于指导深入分析结合蛋白集成的工程肽条形码
Neve2006 VJ凯里 乳腺癌细胞系的表达和CGH数据
NGScopyData 小贝赵 用于NGScopy包的人类肿瘤BAM文件子集和正常测序数据池(Zhao et al. 2014)
nullrangesData 迈克尔的爱 nullranges包的ExperimentHub数据集
NxtIRFdata 黄奇喜 NxtIRF的数据
ObMiTi 奥马尔Elashkar 正常和高脂肪饮食的Ob/ Ob小鼠数据
oct4 迈克尔的爱 OCT4在小鼠ESCs中的条件敲除
OMICsPCAdata Subhadeep Das OMICsPCA包支持数据
OnassisJavaLibs 尤金尼亚Galeota OnassisJavaLibs, java库运行概念图和语义相似
optimalFlowData 斯托伊Inouzhe optimalFlowData
parathyroidSE 迈克尔的爱 Haglund等人对甲状旁腺肿瘤原代培养RNA-Seq的研究,《临床内分泌杂志》2012。
pasilla 亚历杭德罗雷耶斯 数据包与每个外显子和每个基因的RNA-seq样本Pasilla敲除计数Brooks等,基因组研究2011。
pasillaBamSubset Herve页面 来自“Pasilla”实验的BAM文件子集
PasillaTranscriptExpr 马格达雷娜Nowicka 来自布鲁克斯等人的RNA-Seq数据敲除。
PathNetData 路德维希Geistlinger PathNet包的实验数据
PCHiCdata Paula Freire-Pritchett 获取Hi-C数据
pcxnData Sokratis Kariotis 预先定义的通路/基因集之间的相关系数和p值
pd.atdschip.tiling Kristof De Beuf 平台设计信息的Affymetrix Atdschip_tiling
pepDat 升Sauteraud 肽芯片数据包
PepsNMRData 侬·马丁 PepsNMR包的数据集
PhyloProfileData Vinh Tran 使用PhyloProfile工具进行系统发育剖面分析的数据包
plasFIA 亚历克西斯Delabriere FIA-HRMS等离子数据集
plotgardenerData 妮可·克莱默 plotgardener包的数据集和测试数据文件
ppiData 生物导体包维护者 一个包含诱饵到猎物的蛋白质-蛋白质相互作用的定向图的包
prebsdata Karolis Uziela 'prebs'包的数据
preciseTADhub 米哈伊尔·Dozmorov 使用preciseTAD获得的预训练随机森林模型
PREDAsampledata 弗朗西斯科·法拉利 透明细胞肾癌标本的表达和拷贝数数据
ProData 小春就李 乳腺癌样本SELDI-TOF数据
pRolocdata 劳伦特与 pRoloc包附带的数据
prostateCancerCamcap 马克·邓宁 前列腺癌数据
prostateCancerGrasso 马克·邓宁 前列腺癌数据
prostateCancerStockholm 马克·邓宁 前列腺癌数据
prostateCancerTaylor 马克·邓宁 前列腺癌数据
prostateCancerVarambally 马克·邓宁 前列腺癌数据
ptairData 卡米尔Roquencourt PTR-TOF-MS挥发组学原始数据集,来自呼出的空气和细胞培养顶空
PtH2O2lipids 詹姆斯•柯林斯 van Creveld et al.(2015)的HPLC-ESI-MS脂质数据
pumadata Xuejun刘 与puma包一起使用的各种数据集
PWMEnrich.Dmelanogaster.background 迭戈Diez D. melanogaster背景的PWMEnrich
PWMEnrich.Hsapiens.background 迭戈Diez 智人的PWMEnrich背景
PWMEnrich.Mmusculus.background 迭戈Diez M. musculus背景为PWMEnrich
pwrEWAS.data Stefan Graw pwrEWAS.data:Reference data accompanying pwrEWAS
QDNAseq.hg19 达乌德您 QDNAseq bin注释hg19
QDNAseq.mm10 达乌德您 Bin标注mm10
qPLEXdata Kamal Kishore开发者 数据随qPLEXanalyzer包
QUBICdata 余张 在QUBIC包的小插图中使用的数据
rcellminerData Augustin Luna, Vinodh Rajapakse, Fathi Elloumi rcellminerData: NCI-60细胞系的分子特征和药物反应
RcisTarget.hg19.motifDBs.cisbpOnly.500bp 莎拉Aibar RcisTarget motif数据库用于人类(hg19) - 4.6k motif的子集
ReactomeGSA.data 约翰内斯偶联 ReactomeGSA包的配套数据包
RegParallel 凯文Blighe R中的标准回归函数支持对大型数据帧进行并行处理
restfulSEData 生物导体包维护者 “restfulSE”R包的元数据示例
RforProteomics 劳伦特与 “使用R和Bioconductor进行蛋白质组学数据分析”出版物的配套包
RGMQLlib 西蒙·帕洛 RGMQLlib,运行GMQL scala API的java库
rheumaticConditionWOLLBOLD 亚历杭德罗Quiroz-Zarate 由Wollbold等人发表的归一化基因表达数据集[2009](Wollbold)。
RITANdata 迈克尔·齐默尔曼 这个包包含注释和网络数据集
RLHub 亨利米勒 一个用于访问已处理的RLSuite数据集的ExperimentHub包
RMassBankData 迈克尔·斯特拉夫斯,艾玛·施曼斯基 RMassBank的测试数据集
RNAinteractMAPK 迈克•史密斯 通过RNAi合成遗传相互作用分析的信号网络映射
RNAmodR。数据 菲利克斯·恩斯特 RNAmodR包的示例数据
RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14 Herve页面 RNAseq实验:通过高通量测序HNRNPC敲低和对照HeLa细胞的转录分析
RNASeqRData Kuan-Hao曹国伟 RNASeqRData: RNASeqR软件包演示样例数据
RnaSeqSampleSizeData 石林赵 RnaSeqSampleSizeData
RnBeads.hg19 RnBeadsAnnotationCreator RnBeads.hg19
RnBeads.hg38 RnBeadsAnnotationCreator RnBeads.hg38
RnBeads.mm10 RnBeads团队 RnBeads.mm10
RnBeads.mm9 RnBeadsAnnotationCreator RnBeads.mm9
RnBeads.rn5 RnBeadsAnnotationCreator RnBeads.rn5
RRBSdata 卡佳Hebestreit 一个包含12个样本和10,000个模拟DMRs的RRBS数据集
rRDPData 迈克尔Hahsler 默认RDP分类器的数据库
RTCGA.clinical Marcin辛斯 来自癌症基因组图谱计划的临床数据集
RTCGA。CNV Marcin辛斯 来自癌症基因组图谱计划的拷贝数变异(CNV)数据集
RTCGA.methylation Marcin辛斯 甲基化数据集来自癌症基因组图谱项目
RTCGA.miRNASeq Marcin辛斯 来自癌症基因组图谱项目的miRNASeq数据集
RTCGA.mRNA Marcin辛斯 来自癌症基因组图谱项目的mRNA数据集
RTCGA.mutations Marcin辛斯 来自癌症基因组图谱计划的突变数据集
RTCGA。PANCAN12 Marcin辛斯 来自基因组癌症浏览器的PanCan 12
RTCGA.rnaseq Marcin辛斯 来自癌症基因组图谱计划的rna序列数据集
RTCGA。RPPA Marcin辛斯 来自癌症基因组图谱计划的RPPA数据集
RUVnormalizeData 洛朗•雅各布 RUVnormalize包的性别数据
sampleClassifierData Khadija El Amrani 与sampleClassifier包一起使用的预处理数据
SBGNview.data Weijun罗 支持SBGNview包的数据集
scanMiRData Fridolin总值 miRNA scanMiR包的亲和模型
scATAC。资源管理器 Arrian Gibson-Khademi 单细胞ATAC测序数据集及相应元数据集
SCATEData Wenpin侯 SCATE数据(单细胞ATAC-seq信号提取和增强)
SCLCBam 奥斯卡Krijgsman 小细胞肺肿瘤4号染色体序列数据
scpdata 克利斯朵夫Vanderaa 单细胞蛋白质组学数据包
scRNAseq 亚伦Lun 公共单细胞RNA-Seq数据集的收集
scTHI.data 米歇尔·切 该软件包包含小插图中使用的单细胞数据的示例和scTHI包的示例;数据包含胶质瘤公共数据集的肿瘤细胞和免疫细胞
seq2pathway.data Arjun Kinstlick 数据集为R包seq2路径
seqc 杨辽,魏氏 来自SEQC (MAQC-III)研究的RNA-seq数据
seqCNA.annot 大卫Mosen-Ansorena 用seqCNA深度测序癌症数据拷贝数分析的注释
serumStimulation Morten汉森 serumStimulation是一个数据包,在包pcaGoPromoter中有实例使用
sesameData 扫读周 SeSAMe包的支持数据
seventyGeneData 路易吉马尔基奥尼 来自van't Veer和van de Vijver乳腺癌研究的表达集
shinyMethylData 让-菲利普•福丁 shinyMethyl输入数据的示例数据集
signatureSearchData 段玉柱,Brendan Gongol signatureSearch包的数据集
SimBenchData 曹曰 SimBenchData:收集了35个单细胞RNA-seq数据,涵盖了广泛的数据特征
simpIntLists Kircicegi Korkmaz 该软件包以简单的格式包含各种生物的生物网格交互作用
Single.mTEC.Transcriptomes 亚历杭德罗雷耶斯 小鼠mTEC细胞的单细胞转录组数据及分析
SingleCellMultiModal 马塞尔·拉莫斯 集成多模态单细胞实验数据集
SingleMoleculeFootprintingData 圭多Barzaghi 支持单分子足迹pkg的数据
SNAData 丹尼斯Scholtens 社交网络分析数据示例
SNAGEEdata 大卫Venet SNAGEE数据
SNPhoodData 基督教阿诺德 SNPhood包的附加和更复杂的示例数据
SomatiCAData Mengjie陈 一个用于SomatiCA包的癌症全基因组测序数据示例
SomaticCancerAlterations 朱利安格林 体细胞癌改变
spatialDmelxsim 迈克尔的爱 果蝇杂交胚的空间等位基因表达计数
spatialLIBD 莱昂纳多Collado-Torres spatialLIBD:一个R/Bioconductor包,用于可视化空间分辨率的转录组数据
SpikeIn 拉斐尔·a·伊瑞扎里 Affymetrix插入实验数据
SpikeInSubset 拉斐尔·a·伊瑞扎里 Affymetrix的钉入实验数据的一部分
spqnData 易王 spqn包的数据
stemHypoxia 克里斯托瓦尔弗雷斯诺 普拉多-洛佩兹等人在缺氧基因表达数据集下的人胚胎干细胞分化(2010)
STexampleData 卢卡斯·m·韦伯 以SpatialExperiment Bioconductor格式收集空间解析转录组学数据集
stjudem Joern Toedling 来自Yeoh等人的MACAT格式的微阵列数据
SVM2CRMdata Guidantonio Malagoli Tagliazucchi 与SVM2CRM包一起使用的示例数据集
synapterdata 劳伦特与 突触包附带的数据
systemPipeRdata 托马斯Girke systemPipeRdata:工作流模板和示例数据
TabulaMurisData 夏洛特Soneson Tabula Muris Consortium的10x和SmartSeq2数据
TabulaMurisSenisData 夏洛特Soneson Tabula Muris Senis项目的批量和单细胞rna测序数据
TargetScoreData 李越 TargetScoreData
TargetSearchData Alvaro Cuadros-Inostroza TargetSearch Package的GC-MS数据示例
鞑靼 基督教Panse 在赛默飞世尔科学质谱仪上记录的原始地面光谱
TBX20BamSubset d . Bindreither 来自“TBX20”实验的BAM文件子集
TCGAbiolinksGUI.data Tiago Chedraoui Silva TCGAbiolinksGUI包的数据
TCGAcrcmiRNA 克劳迪奥·Isella TCGA CRC 450 miRNA数据集
TCGAcrcmRNA 克劳迪奥·Isella TCGA CRC 450 mRNA数据集
TCGAMethylation450k 肖恩·戴维斯 癌症基因组图谱Illumina 45万甲基化实例数据
tcgaWGBSData.hg19 Divy Kangeyan 数据
TCGAWorkflowData Tiago Chedraoui Silva TCGA工作流数据
TENxBrainData 生物导体包维护者 来自10X 130万个脑细胞研究的数据
TENxBUSData λ摩西 来自10x总线格式的单单元数据集
TENxPBMCData 斯蒂芬妮·希克斯 PBMC数据来自10X Genomics
TENxVisiumData 海伦娜·l·克罗威尔 由10X Genomics提供的Visium空间基因表达数据
timecoursedata 内尔Varoquaux 时间过程RNA-seq和微阵列基因表达数据集的数据包
TimerQuant 约瑟夫·巴里 定时定量
tinesath1cdf 齿Casneuf tinesath1cdf
tinesath1probe 齿Casneuf tinesath1型微阵列探针序列数据
tissueTreg 查尔斯Imbusch 来自小鼠组织T调节细胞的TWGBS和RNA-seq数据
TMExplorer 埃里克·克里斯坦森 肿瘤微环境单细胞RNA测序数据集及相应元数据的收集
tofsimsData 洛伦兹格柏 ToF-SIMS成像数据的导入、处理和分析
topdownrdata 塞巴斯蒂安·吉布 使用实例topdownr R包的文件
肺结核 卢卡斯希弗 结核病基因表达数据的机器学习
tweeDEseqCountData 胡安·R·冈萨雷斯 RNA-seq计数数据在tweeDEseq包的小插图中使用
tximportData 迈克尔的爱 tximportData
VariantToolsData 迈克尔•劳伦斯 VariantTools教程的数据
vulcandata 费德里科·m·乔吉 虚拟ChIP-Seq数据分析使用网络,虚拟数据集
WES.1KG.WUGSC 江刘宇超(音) 华盛顿大学基因组测序中心(WUGSC) 1000基因组(1KG)项目中22号染色体第401 - 500外显子的全外显子组测序(WES)。
WGSmapp 如金王 ENCODE项目全基因组测序的可映射性轨迹
XhybCasneuf Tineke Casneuf EBI/PSB交叉杂交研究包
yeastCC Sandrine Dudoit Spellman等人(1998)和Pramila/Breeden(2006)酵母细胞周期微阵列数据
yeastExpData r .绅士 酵母实验数据
yeastGSData r .绅士 酵母金标准数据
yeastNagalakshmi 生物导体包维护者 酵母基因组RNA测序数据基于Nagalakshmi等。
yeastRNASeq j·布拉德 酵母RNA-Seq实验数据来自Lee等人,2008
zebrafishRNASeq 大卫。Risso 斑马鱼RNA-Seq实验数据来自Ferreira et al. (2014)

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