此包适用于Bioconductor 3.14版;有关稳定的最新发布版本,请参见SNPlocs.Hsapiens.dbSNP144.GRCh38.
Bioconductor版本:3.14
从NCBI dbSNP Build 144中提取的智人SNP位点和等位基因用于此包的源数据文件由NCBI于2015年5月30日创建,包含映射到参考基因组GRCh38的snp。p2 (GRCh38的补丁版本,不改变染色体1-22,X, Y, MT)。注意,这些snp可以被“注入”到BSgenome.Hsapiens.NCBI中。GRCh38或bsgenome . hspiens . ucsc .hg38。
作者:Hervé Pagès
维护人员:H. Pagès
引文(从R内,输入引用(“SNPlocs.Hsapiens.dbSNP144.GRCh38”)
):
要安装此包,请启动R(版本“4.1”)并输入:
如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("SNPlocs.Hsapiens.dbSNP144.GRCh38")
对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放.
参考手册 |
biocViews | AnnotationData,遗传学,Homo_sapiens,SNPlocs |
版本 | 0.99.20 |
许可证 | 艺术- 2.0 |
取决于 | BSgenome(> = 1.43.4) |
进口 | 方法,跑龙套,BiocGenerics,S4Vectors,IRanges,GenomeInfoDb,GenomicRanges,BSgenome |
链接 | |
建议 | Biostrings,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38 |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | |
全靠我 | |
进口我 | |
建议我 | BSgenome,GenomicFeatures,MungeSumstats,XtraSNPlocs.Hsapiens.dbSNP144.GRCh38 |
链接到我 |
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
源包 | SNPlocs.Hsapiens.dbSNP144.GRCh38_0.99.20.tar.gz |
Windows二进制 | |
macOS 10.13 (High Sierra) | |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/SNPlocs.Hsapiens.dbSNP144.GRCh38/ |
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