这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅SNPlocs.Hsapiens.dbSNP144.GRCh37。
Bioconductor版本:3.14
SNP等位基因位置和智人从NCBI dbSNP建造144。源数据文件用于这个包是由NCBI 5月29 - 30日,2015年,包含snp GRCh37.p13映射到参考基因组。警告:请注意,GRCh37。p13 GRCh37的基因是一个修补版本。然而补丁并不改变染色体22页,X, Y,太GRCh37本身是一样的hg19从UCSC基因组* *除了线粒体染色体。因此,单核苷酸多态性在这个包可以在BSgenome.Hsapiens.UCSC“注入”。hg19在正确的位置,他们将土地但这注入排除chrM(即序列将被注入无关)。
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从内部引用(R,回车引用(“SNPlocs.Hsapiens.dbSNP144.GRCh37”)
):
安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“SNPlocs.Hsapiens.dbSNP144.GRCh37”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
参考手册 |
biocViews | AnnotationData,遗传学,Homo_sapiens,SNPlocs |
版本 | 0.99.20 |
许可证 | 艺术- 2.0 |
取决于 | BSgenome(> = 1.43.4) |
进口 | 方法,跑龙套,BiocGenerics,S4Vectors,IRanges,GenomeInfoDb,GenomicRanges,BSgenome |
链接 | |
建议 | Biostrings,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19 |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | |
取决于我 | |
进口我 | appreci8R |
建议我 | AllelicImbalance,GenomicScores,MafDb.1Kgenomes.phase1.hs37d5,MafDb.1Kgenomes.phase3.hs37d5,MafDb.ExAC.r1.0.hs37d5,MafDb.ExAC.r1.0.nonTCGA.hs37d5,MafDb.gnomAD.r2.1.hs37d5,MafDb.gnomADex.r2.1.hs37d5,MafDb.TOPMed.freeze5.hg19,MungeSumstats,VariantFiltering,XtraSNPlocs.Hsapiens.dbSNP144.GRCh37 |
我的链接 |
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
源包 | SNPlocs.Hsapiens.dbSNP144.GRCh37_0.99.20.tar.gz |
Windows二进制 | |
macOS 10.13(高山脉) | |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/SNPlocs.Hsapiens.dbSNP144.GRCh37/ |
包下载报告 | 下载数据 |