SNPlocs.Hsapiens.dbSNP141.GRCh38

DOI:10.18129 / B9.bioc.SNPlocs.Hsapiens.dbSNP141.GRCh38

这个包是弃用。它可能会从Bioconductor删除。请参考包临终的指导方针为更多的信息。

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅SNPlocs.Hsapiens.dbSNP141.GRCh38。

SNP地点智人(dbSNP构建141)

Bioconductor版本:3.14

SNP等位基因位置和智人从NCBI dbSNP建造141。源数据文件用于这个包是由NCBI 5月1日,2014年,包含snp GRCh38映射到参考基因组。注意,这些单核苷酸多态性可以在BSgenome.Hsapiens.NCBI“注入”。GRCh38或BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38。重要提示:这个包是弃用。请使用SNPlocs数据包根据最近dbSNP构建相反(例如建立144或149)。你可以叫BSgenome: available.SNPs()从R可用SNPlocs数据包的列表。

作者:Herve页面

维修工:h .页< hpages fhcrc.org >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“SNPlocs.Hsapiens.dbSNP141.GRCh38”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

PDF		参考手册

细节

biocViews	AnnotationData,遗传学,Homo_sapiens,SNPlocs
版本	0.99.11
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 2.10),S4Vectors,IRanges,GenomeInfoDb,GenomicRanges,BSgenome(> = 1.33.9)
进口	方法,跑龙套,S4Vectors,IRanges,GenomeInfoDb,GenomicRanges,BSgenome
链接
建议	Biostrings,BSgenome.Hsapiens.NCBI.GRCh38(> = 1.3.19)
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我	genotypeeval,XtraSNPlocs.Hsapiens.dbSNP141.GRCh38
我的链接

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	SNPlocs.Hsapiens.dbSNP141.GRCh38_0.99.11.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13(高山脉)
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/SNPlocs.Hsapiens.dbSNP141.GRCh38/
包下载报告	下载数据