CTCF

DOI:10.18129 / B9.bioc.CTCF

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅CTCF。

基因组的坐标CTCF结合位点,取向

Bioconductor版本:3.14

基因预测CTCF的坐标与主题结合位点MA0139.1 (Jaspar),在床上的格式。绑定与链取向(方向性)。人类(hg19 hg38)和鼠标(mm9 mm10)基因组。结合位点被发现使用MEME的工具套件使用默认设置。额外的列包括主题名称(MA0139.1),得分,小题核反应能量,主题序列。

作者:米哈伊尔Dozmorov (aut (cre)埃里克·戴维斯(aut) Wancenμ(aut),斯图尔特·李(aut)蒂姆Triche (aut),道格拉斯Phanstiel (aut),迈克尔·爱(aut)

维修工:米哈伊尔Dozmorov <米哈伊尔。在gmail.com dozmorov >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“CTCF”)

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文档

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HTML	R脚本	介绍CTCF
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	AnnotationData,AnnotationHub,FunctionalAnnotation,GenomicSequence
版本	0.99.4
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于
进口
链接
建议	BiocStyle,knitr,rmarkdown,sessioninfo,AnnotationHub
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/mdozmorov/CTCF
BugReports	https://github.com/mdozmorov/CTCF/issues
取决于我
进口我
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包档案

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源包	CTCF_0.99.4.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13(高山脉)
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/CTCF/
包下载报告	下载数据