AHWikipathwaysDbs

DOI:10.18129 / B9.bioc.AHWikipathwaysDbs

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅AHWikipathwaysDbs。

代谢物与WikiPathways通路(AnnotationHub)

Bioconductor版本:3.14

包提供了一个全面的映射表相关的代谢物Wikipathways通路。表包括HMDB KEGG、ChEBI Drugbank, PubChem化合物,ChemSpider,背包,加上中科院和InChIKey Wikidata id。表为每个提供25个物种(“冈比亚疟蚊”、“拟南芥”、“枯草芽孢杆菌”,“牛”,“秀丽隐杆线虫”、“犬属后裔”、“鲐鱼类”,“黑腹果蝇”,“科仕caballus”、“大肠杆菌”,“背带吊裤带”、“赤霉菌属菌”,“智人”,“大麦”、“亩所支配”,“结核分枝杆菌”,“栽培稻”、“黑猩猩”、“恶性疟原虫”、“白杨trichocarpa”、“鼠形”,“酿酒酵母”,“茄属植物lycopersicum”,“野猪”,“玉米”)。这些表信息可以用于代谢物组富集分析。

作者:Kozo Nishida (aut (cre)

维护人员:Kozo Nishida < Kozo。在gmail.com nishida >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“AHWikipathwaysDbs”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“AHWikipathwaysDbs”)

HTML	R脚本	提供AnnotationHub WikipathwaysDb数据库
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	AnnotationData,AnnotationHub,CustomDBSchema,FunctionalAnnotation
版本	0.99.4
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 4.1.0)
进口	AnnotationHub(> = 2.23.0)
链接
建议	BiocStyle,magrittr,dplyr,宠物猫,knitr,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/kozo2/AHWikipathwaysDbs
取决于我
进口我
建议我
我的链接

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	AHWikipathwaysDbs_0.99.4.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13(高山脉)
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/AHWikipathwaysDbs/
包下载报告	下载数据