# #——style-knitr eval = TRUE,呼应= FALSE,结果=“黑名单”- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - BiocStyle::乳胶()# #——包括= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -库(knitr)美元opts_chunk组(和合= TRUE,背景= # f3f3ff) # # - - - - -要求- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -库(“反面”)的数据(变异)头(变异)# #——example_error_rates - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -α= c(0.01, 0.05)β= c(0.01, 0.05)头(α)头(β)# #——example_inference - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - set.seed(12345)推理=封底(D =变体,α=α,β=β,check_indistinguishable = TRUE, num_rs = 5, num_iter = 100, n_try_bs = 50, num_processes = 1, verbose = TRUE) # #——example_inference_full - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -数据(推理)打印(名字(推理))# #——example_plot - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -情节(推理phylogenetic_tree美元)# #——sessioninfo,结果=“黑名单”,回声= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - toLatex (sessioninfo ())