# #——风格,eval = TRUE,呼应= FALSE,结果=“黑名单”- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - BiocStyle::乳胶()# #——RGSEA-DOWNLOAD,消息= FALSE,警告= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -图书馆(GEOquery) g4100 < GDS2eSet (getGEO (“GDS4100”)) g4102 < - GDS2eSet (getGEO (“GDS4102”)) # #——RGSEA-transform - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - e4102 < exprs (g4102) e4100 < exprs (g4100) # #——RSGEA-data - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - e1 < -e4102 [c (51)] e2 < e4100 [c(24) 1、2、23日]colnames (e1) < - c(“肿瘤”,“正常”)colnames (e2) < - c(“肿瘤”,“肿瘤”,“正常”、“正常”)# # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -库(RGSEA)数据(e1)数据(e2) RGSEAfix (e1, e2, queryclasses = colnames (e1) refclasses = colnames (e2),随机= 20000,featurenum = 1000,迭代= 100)- >测试# # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -测试[[1]]# # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - RGSEApredict(测试[[1]],colnames (e2)) # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -数据城市规划机构(cmap) test2 < -RGSEAsd(提出[1],提出[2:6],queryclasses = colnames城市规划机构(cmap) [1], refclasses = colnames城市规划机构(cmap)[2:6],随机= 5000,sd = 2,迭代= 100)test2 ([1])