### R代码从小插图来源的PSICQUIC。Rnw ' ################################################### ### 代码块1号:listProviders ################################################### 库(PSICQUIC) PSICQUIC < - PSICQUIC (PSICQUIC()提供者 ) ################################################### ### 代码块2号:queryMycTp53 ################################################### 库(PSICQUIC) PSICQUIC < - PSICQUIC()提供者(PSICQUIC)台< -交互(PSICQUIC id = c(“TP53”、“MYC”),物种= " 9606 ")暗(资源描述 ) ################################################### ### 代码块3号:sourceCount ################################################### 表(美元(资源提供者 ) ################################################### ### 代码块4号:summaryCounts ################################################### 台(c(“供应商”、“类型”、“detectionMethod ")] ################################################### ### 代码块5号:taptag ################################################### 台(grep(“亲和力”,台detectionMethod美元),c(“类型”、“publicationID”、“firstAuthor”,“confidenceScore”,“提供者 ")] ################################################### ### 代码块6号:broadTaptag ################################################### 资源描述。myc < -交互(psicquic, myc,物种= " 9606 ",publicationID = " 21150319 ") ################################################### ### 代码块7号:mycInteractorsExamined ################################################### 暗(tbl.myc)表(tbl.myc提供者美元)表(tbl.myc confidenceScore美元 ) ################################################### ### 代码块8号:addGeneNames ################################################### idMapper < - idMapper资源(“9606”)。myc < - addGeneInfo (idMapper tbl.myc)打印头(tbl.myc A.name美元)打印(头(tbl.myc B.name美元 )) ################################################### ### 代码块9号:threeGenes ################################################### 资源描述。3 <- interactions(psicquic, id=c("ALK"， "JAK3"， "SHC3")， species="9606"， quiet=TRUE) tbl。3g <- addGeneInfo(idMapper, tbl.3) tbl. 3g <- addGeneInfo(idMapper, tbl.3)3gd <- with(tbl。3g, as.data.frame(table(detectionMethod, type, A.name, B.name, provider))3gd <-子集(tbl。3gd，频率> 0))