# # - - - - -设置,包括= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - knitr:: opts_chunk设置美元(崩溃= TRUE,评论= " # >”,呼应= TRUE,警告= FALSE) # #——标题,包括= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -恐怕< -粘贴(“图1:* * * *”、“多维标度图的可视化”,“2 ^ ^女士光谱相似之处”,“低分辨率质/女士的例子数据集。”“黑点表示从未知代谢物谱。”)图< -粘贴(“图2:* * * *”,“距离矩阵的对称热图显示”,“2 ^ ^女士光谱相似之处”,“低分辨率质/女士的例子数据集。””,连同所导致的系统树图”、“分层集群基于距离矩阵。””,颜色编码左上角所示插入。”)就知道< -粘贴(“图3:* * * *”,“使成圆形系统树图的结果”,“会凝聚的层次聚类平均链接”,“作为集聚则基于“,“^ 2 ^女士光谱相似之处”,“低分辨率质/女士的例子数据集。””,每片叶子代表一个功能和颜色编码”,“集群关系的特性。”、“叶子标签显示功能id”。,“距离中心点的象征”,“系统树图的高度。”)# #——包、消息= FALSE,警告= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -库(CluMSID)库(CluMSIDdata) lowresfile < -系统。文件(“extdata”、“PA14_amazon_lowres。mzXML”,包= " CluMSIDdata”) # #——负载,包括= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -负载(文件=系统。文件(“extdata”、“lowres-featlist。RData”,包= " CluMSIDdata ")) =系统负载(文件。文件(“extdata”、“lowres-distmat。RData”,包= " CluMSIDdata ")) # #——提取- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ms2list <——extractMS2spectra (lowresfile)长度(ms2list) # #——合并,eval = FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - # featlist <——mergeMS2spectra (ms2list mz_tolerance = 0.02) # #长度- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -长度(featlist) # #——distmat eval = FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - # distmat <——distanceMatrix (featlist) # #——MDS, fig.cap =应该- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - MDSplot (distmat) # #——的热图,fig.width = 6, fig.asp = 1, fig.cap =图- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - HCplot (distmat类型=“热图”,cexRow = 0.1, cexCol = 0.1,利润= c (6,6)) # #——dendro fig.width = 6, fig.asp = 1, fig.cap =不可- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - HCplot (distmat h = 0.8, cex = 0.3) # #会话- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - sessionInfo ()