zFPKM

DOI:10.18129 / B9.bioc.zFPKM

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅zFPKM。

一套功能促进zFPKM转换

Bioconductor版本:3.14

执行zFPKM变换RNA-seq FPKM数据。该算法是基于出版的哈特et al ., 2013 (Pubmed ID 24215113)。参考建议使用zFPKM > 3选择表达基因。打开/关闭染色体编码数据进行验证。适用于基因水平数据使用FPKM或TPM。没有出现数据校准的记录水平。

作者:罗恩·里奇(aut (cre),约翰•汤普森(aut)

维护人员:罗恩Ammar <罗恩。见bms.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“zFPKM”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“zFPKM”)

HTML	R脚本	介绍zFPKM转换
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	FeatureExtraction,GeneExpression,ImmunoOncology,RNASeq,软件
版本	1.16.0
Bioconductor自	BioC 3.6 (r - 3.4)(4.5年)
许可证	GPL-3 |文件许可证
取决于	R (> = 3.4.0)
进口	使彻底失败,dplyr,ggplot2,tidyr,SummarizedExperiment
链接
建议	knitr,limma,刨边机,GEOquery,stringr,printr,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/ronammar/zFPKM/
BugReports	https://github.com/ronammar/zFPKM/issues
取决于我
进口我
建议我	DGEobj.utils
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	zFPKM_1.16.0.tar.gz
Windows二进制	zFPKM_1.16.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13(高山脉)	zFPKM_1.16.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/zFPKM
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ zFPKM
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/zFPKM/
包下载报告	下载数据