vsn

DOI:10.18129 / B9.bioc.vsn

此包适用于Bioconductor 3.14版;有关稳定的最新发布版本,请参见vsn

微阵列数据方差稳定与校正

Bioconductor版本:3.14

该程序包实现了一种从单色和多色阵列规范化微阵列强度的方法。它也可以用于来自其他技术的数据,只要它们具有类似的格式。该方法使用极大似然估计的鲁棒变体,用于加乘误差模型和仿射校准。该模型包括数据校准步骤(即归一化)、方差对平均强度的依赖模型和方差稳定数据转换。转换强度之间的差异类似于“归一化对数比”。然而,与后者相比,它们的方差与均值无关,在检测差异转录时通常更敏感和特异。

作者:Wolfgang Huber,由Anja von Heydebreck贡献。其中包括Dennis Kostka、David Kreil、Hans-Ulrich Klein、Robert Gentleman、Deepayan Sarkar和Gordon Smyth等用户的许多评论和建议

维护者:Wolfgang Huber < Wolfgang。Huber在embl.org>

引文(从R内,输入引用(“vsn”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“vsn”)

超文本标记语言 R脚本 vsn简介(HTML版本)
PDF R脚本 vsn的似然计算
PDF 用模拟数据验证和评估性能
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews 微阵列OneChannel预处理软件TwoChannel
版本 3.62.0
在Bioconductor BioC 1.6 (R-2.1)或更早(> 17年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 R(>= 4.0.0),方法,Biobase
进口 affylimma晶格ggplot2
链接
建议 affydatahgu95av2cdfBiocStyleknitrrmarkdowndplyrtestthat
SystemRequirements
增强了
URL http://www.r-project.orghttp://www.ebi.ac.uk/huber
全靠我 affyParacellHTS2rnaseqGenewebbioc
进口我 arrayQualityMetricsbnemcoexnetDAPARDoschedaExpressionNormalizationWorkflowimageHTSMatrixQCvismetaseqR2MSnbaseNormalyzerDEpvca林格tilingArray
建议我 adSplitbeadarrayDESeq2雌激素flowVSggbioGlobalAncovaglobaltestlimma光民MsCoreUtilsPAAQFeaturesscp《暮光之城》
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 vsn_3.62.0.tar.gz
Windows二进制 vsn_3.62.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra) vsn_3.62.0.tgz
源库 Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/vsn
源存储库(开发人员访问) Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/vsn
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/vsn/
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