vissE

DOI:10.18129 / B9.bioc.vissE

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅vissE。

想象集浓缩分析结果

Bioconductor版本:3.14

这个包可以解释和分析的结果从一个基因集富集分析使用基于网络的和文本挖掘方法。大多数导致大型列出重要的基因集富集分析,很难解释。工具在这个包中帮助建立一个重要的基因集的相似性网络从一个基因集富集分析,可以追究他们的生物功能使用文本挖掘方法。

作者:Dharmesh d Bhuva (aut (cre)

维护人员:Dharmesh d Bhuva < Bhuva。d wehi.edu.au >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“vissE”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“vissE”)

HTML	R脚本	vissE
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	GeneExpression,GeneSetEnrichment,网络,NetworkEnrichment,软件
版本	1.2.2
Bioconductor自	BioC 3.13 (r - 4.1)(1年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 4.1)
进口	igraph、方法、plyr,ggplot2,scico,RColorBrewer,tm,ggwordcloud,GSEABase,reshape2grDevices,ggforce,msigdb,ggrepel,textstem,tidygraph统计数据,尺度,ggraph
链接
建议	testthat,org.Hs.eg.db,org.Mm.eg.db,拼接而成,singscore,knitr,rmarkdown,prettydoc,BiocStyle,pkgdown,covr
SystemRequirements
增强了
URL	https://davislaboratory.github.io/vissE
BugReports	https://github.com/DavisLaboratory/vissE/issues
取决于我
进口我
建议我	msigdb
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	vissE_1.2.2.tar.gz
Windows二进制	vissE_1.2.2.zip
macOS 10.13(高山脉)	vissE_1.2.2.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/vissE
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ vissE
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/vissE/
包下载报告	下载数据