这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅transomics2cytoscape。
Bioconductor版本:3.14
transomics2cytoscape为3 d transomics可视化生成一个文件通过提供输入指定多个KEGG通道层的IDs,相应的z轴的高度,和一个输入代表通路之间的边缘层。边缘,例如,描述之间的关系激酶途径和酶的另一个途径。这个包自动创建一个transomics网络如图Yugi.2014 (https://doi.org/10.1016/j.celrep.2014.07.021)使用Cytoscape自动化(https://doi.org/10.1186/s13059 - 019 - 1758 - 4)。
作者:Kozo Nishida (aut (cre),Katsuyuki游戏(aut)
维护人员:Kozo Nishida < Kozo。在gmail.com nishida >
从内部引用(R,回车引用(“transomics2cytoscape”)
):
安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“transomics2cytoscape”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“transomics2cytoscape”)
HTML | R脚本 | transomics2cytoscape |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | DataImport,KEGG,网络,通路,软件 |
版本 | 1.4.0 |
Bioconductor自 | BioC 3.12 (r - 4.0)(1.5年) |
许可证 | 艺术- 2.0 |
取决于 | |
进口 | RCy3,KEGGREST,dplyr |
链接 | |
建议 | testthat,roxygen2,knitr,BiocStyle,rmarkdown |
SystemRequirements | Java 11日Cytoscape 3.8.2 Cy3D > = 1.1.3 |
增强了 | |
URL | |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | |
我的链接 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
源包 | transomics2cytoscape_1.4.0.tar.gz |
Windows二进制 | transomics2cytoscape_1.4.0.zip |
macOS 10.13(高山脉) | transomics2cytoscape_1.4.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/transomics2cytoscape |
源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ transomics2cytoscape |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/transomics2cytoscape/ |
包下载报告 | 下载数据 |