tracktables

DOI:10.18129 / B9.bioc.tracktables

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅tracktables。

构建IGV追踪和HTML报告

Bioconductor版本:3.14

方法来创建复杂的IGV基因组浏览器会话和动态IGV报告的HTML页面。

作者:汤姆·卡罗尔Sanjay Khadayate安妮Pajon,紫薇梁

维护人员:汤姆卡罗尔< tc.infomatics gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“tracktables”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“tracktables”)

PDF	R脚本	创建与tracktables IGV HTML报告
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ReportWriting,测序,软件
版本	1.28.0
Bioconductor自	BioC 3.0 (r - 3.1)(7.5年)
许可证	GPL (> = 3)
取决于	R (> = 3.0.0)
进口	IRanges,GenomicRanges,XVector,Rsamtools,XML,tractor.base,stringr,RColorBrewer、方法
链接
建议	knitr,BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	tracktables_1.28.0.tar.gz
Windows二进制	tracktables_1.28.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	tracktables_1.28.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/tracktables
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ tracktables
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/tracktables/
包下载报告	下载数据