trackViewer

DOI:10.18129 / B9.bioc.trackViewer

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅trackViewer

R / Bioconductor包优雅的绘图与web接口交互跟踪或棒棒糖阴谋促进multi-omics数据的综合分析

Bioconductor版本:3.14

可视化映射读取连同注释作为门店的数据集,如ChIP-seq追踪层,RNA-seq, miRNA-seq DNA-seq、单核苷酸多态性和甲基化数据。

作者:Jianhong Ou (aut (cre)朱,朱莉利华国际(aut)

维护人员:Jianhong Ou <,或者在duke.edu >

从内部引用(R,回车引用(“trackViewer”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“trackViewer”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“trackViewer”)

HTML R脚本 trackViewer装饰图案:改变风格
HTML R脚本 trackViewer装饰图案:dandelionPlot
HTML R脚本 trackViewer装饰图案:lollipopPlot
HTML R脚本 trackViewer装饰图案:概述
HTML R脚本 trackViewer装饰图案:情节交互数据
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews 软件,可视化
版本 1.30.0
Bioconductor自 BioC 2.14 (r - 3.1)(8年)
许可证 GPL (> = 2)
取决于 R (> = 3.5.0), grDevices,方法,GenomicRanges、网格Rcpp
进口 GenomeInfoDb,GenomicAlignments,GenomicFeatures,Gviz,Rsamtools,S4Vectors,rtracklayer,BiocGenerics,尺度、工具、IRanges,AnnotationDbi,grImport,htmlwidgets,plotrix,Rgraphviz,InteractionSet,跑龙套,rhdf5
链接 Rcpp
建议 biomaRt,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,RUnit,org.Hs.eg.db,BiocStyle,knitr,VariantAnnotation,httr,htmltools,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我 NADfinder
建议我 ATACseqQC,ChIPpeakAnno
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 trackViewer_1.30.0.tar.gz
Windows二进制 trackViewer_1.30.0.zip
macOS 10.13(高山脉) trackViewer_1.30.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/trackViewer
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ trackViewer
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/trackViewer/
包下载报告 下载数据

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  • 支持网站——关于Bioconductor包的问题
  • 正常词 开发人员邮件列表,包bob电竞体育官网