systemPipeTools

DOI:10.18129 / B9.bioc.systemPipeTools

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅systemPipeTools。

数据可视化工具

Bioconductor版本:3.14

systemPipeTools包扩展了广泛使用systemPipeR (SPR)工作流环境与一个增强的数据可视化工具包,包括公用事业自动化的数据visualizaton分析差异表达基因(度)。systemPipeTools提供数据转换和数据探索函数通过散点图、分层聚类的热图,主成分分析,多维标度,广义主成分,t-Distributed随机邻居嵌入(t-SNE)和马火山地块。所有这些实用程序可以集成的模块化设计systemPipeR环境,允许用户轻松替代任何这些特性和/或自定义的替代品。

作者:Daniela Cassol (aut (cre) Ponmathi Ramasamy (aut)张(aut),托马斯Girke (aut)

维护人员:Daniela Cassol < danicassol gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“systemPipeTools”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“systemPipeTools”)

HTML	R脚本	systemPipeTools:数据可视化
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	聚类,DataImport,DifferentialExpression,ExperimentalDesign,基础设施,MultidimensionalScaling,PrincipalComponent,质量控制,ReportWriting,测序,软件
版本	1.2.0
Bioconductor自	BioC 3.13 (r - 4.1)(1年)
许可证	艺术- 2.0
取决于
进口	DESeq2,GGally,Rtsne,SummarizedExperiment,猿,dplyr,ggplot2,ggrepel,ggtree,glmpca,pheatmap,情节,宠物猫,magrittr,DT,统计数据
链接
建议	systemPipeR,knitr,BiocStyle,rmarkdown,testthat(> = 3.0.0),BiocGenerics,Biostrings、方法
SystemRequirements
增强了
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取决于我
进口我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	systemPipeTools_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	systemPipeTools_1.2.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	systemPipeTools_1.2.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/systemPipeTools
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ systemPipeTools
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/systemPipeTools/
包下载报告	下载数据