这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅systemPipeShiny。
Bioconductor版本:3.14
systemPipeShiny (SPS)扩展了广泛使用systemPipeR (SPR)工作流环境通用图形用户界面提供了一个闪亮的应用。这允许模拟用户,如实验,许多systemPipeR的工作流设计、运行控制、和可视化功能交互,而无需了解R .最重要的是,SPS被设计为一个通用的框架与其他R包在一个直观的方式进行交互。最喜欢的应用程序,SPS可以使用本地电脑上以及集中式服务器的部署,可以远程访问web服务作为公共使用SPR与社区和/或私人数据的功能。框架可以从R /集成很多核心包Bioconductor生态系统。SPS的例子目前的功能包括:(a)创建交互式实验设计和元数据使用一个容易使用的表格编辑器或文件上传;(b)的可视化工作流拓扑结合R减价预览交互式地设计工作流的自动生成;(d)获得各种数据处理例程;(e)和一组可扩展的可视化功能。复杂的视觉结果可以管理一个画布工作台允许用户组织和比较情节在一个高效的方式结合会话快照功能继续工作在稍后的时间。目前套预配置可视化例子。SPR的模块化设计便于设计定制函数没有任何闪亮的知识,以及扩展环境与社区的贡献在未来。
作者:张(aut (cre),达妮埃拉Cassol (aut) Ponmathi Ramasamy (aut) Jianhai张(aut),戈登•莫舍(aut),托马斯Girke (aut)
维护人员:张Le <勒。在email.ucr.edu zhang001 >
从内部引用(R,回车引用(“systemPipeShiny”)
):
安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“systemPipeShiny”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“systemPipeShiny”)
HTML | R脚本 | systemPipeShiny |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | 聚类,DataImport,ExperimentalDesign,基础设施,质量控制,ReportWriting,测序,软件 |
版本 | 1.4.0 |
Bioconductor自 | BioC 3.12 (r - 4.0)(1.5年) |
许可证 | GPL (> = 3) |
取决于 | R (> = 4.0.0),闪亮的(> = 1.5.0),spsUtil(> = 0.2.0),spsComps(> = 0.3.1),抽屉里 |
进口 | DT,为了,bsplus,蜡笔,dplyr,ggplot2,htmltools,胶水,magrittr、方法、情节,rlang,rstudioapi,shinyAce,shinyFiles,shinyWidgets,shinydashboard,shinydashboardPlus(> = 2.0.0),shinyjqui,shinyjs,shinytoastr,stringr统计数据,斯泰勒,宠物猫跑龙套,发呜呜声(> = 1.3.1),yaml,R6,RSQLite,openssl |
链接 | |
建议 | testthat,BiocStyle,knitr,rmarkdown,systemPipeR,systemPipeRdata,rhandsontable,邮政编码,callr,pushbar,fs,readr,R.utils,DESeq2,SummarizedExperiment,glmpca,pheatmap、网格猿,Rtsne,UpSetR,tidyr,esquisse(> = 1.0.2中),导游 |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | https://systempipe.org/spshttps://github.com/systemPipeR/systemPipeShiny |
BugReports | https://github.com/systemPipeR/systemPipeShiny/issues |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | |
我的链接 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
源包 | systemPipeShiny_1.4.0.tar.gz |
Windows二进制 | systemPipeShiny_1.4.0.zip |
macOS 10.13(高山脉) | systemPipeShiny_1.4.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/systemPipeShiny |
源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ systemPipeShiny |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/systemPipeShiny/ |
包下载报告 | 下载数据 |