svaNUMT

DOI:10.18129 / B9.bioc.svaNUMT

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅svaNUMT。

从结构变体调用NUMT检测

Bioconductor版本:3.14

svaNUMT包含从结构性变异函数检测NUMT事件调用。需要调用结构变体在农庄breakend符号和标识NUMTs nuclear-mitochondrial breakend连接。主要功能报道候选人NUMTs如果有一双有效插入网站上发现的核基因组在一定距离阈值。候选人NUMTs报道的事件。

作者:破坏越南盾(aut (cre)

维修工:毁了董< lnyidrn gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“svaNUMT”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

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browseVignettes (“svaNUMT”)

HTML	R脚本	svaNUMT包
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	注释,DataImport,遗传学,测序,软件,VariantAnnotation
版本	1.0.0
Bioconductor自	BioC 3.14 (r - 4.1)(< 6个月)
许可证	GPL-3
取决于	GenomicRanges,rtracklayer,VariantAnnotation,StructuralVariantAnnotation,BiocGenericsR (> = 4.0)
进口	为了,Biostrings,stringr,dplyr、方法、rlang,GenomeInfoDb,S4Vectors,GenomicFeatures
链接
建议	TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,ggplot2,devtools,testthat(> =魅惑,roxygen2,knitr,plyranges,circlize,发出滴答声,IRanges,SummarizedExperiment,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/PapenfussLab/svaNUMT/issues
取决于我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	svaNUMT_1.0.0.tar.gz
Windows二进制	svaNUMT_1.0.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13(高山脉)	svaNUMT_1.0.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/svaNUMT
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ svaNUMT
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/svaNUMT/
包下载报告	下载数据