supersigs

DOI:10.18129 / B9.bioc.supersigs

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅supersigs。

监督突变签名

Bioconductor版本:3.14

生成SuperSigs(监督突变签名)在癌症基因组单核苷酸变异。函数包含在包允许用户学习监督突变签名的数据,并将它们应用到新的数据。中描述的方法是基于一个艾弗里(2021年,ELife)。

作者:阿尔伯特·郭(aut (cre)张(aut),一帆Bahman艾弗里(aut),克里斯蒂安·Tomasetti (aut)

维护人员:阿尔伯特·郭< albertkuo jhu.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“supersigs”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“supersigs”)

HTML	R脚本	使用supersigs
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	分类,FeatureExtraction,回归,测序,软件,SomaticMutation,WholeGenome
版本	1.2.0
Bioconductor自	BioC 3.13 (r - 4.1)(1年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 4.1)
进口	为了,脱字符号,dplyr,tidyr,rsample、方法、rlang跑龙套,Biostrings统计数据,SummarizedExperiment
链接
建议	BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38,knitr,rmarkdown,ggplot2,testthat,VariantAnnotation
SystemRequirements
增强了
URL	https://tomasettilab.github.io/supersigs/
BugReports	https://github.com/TomasettiLab/supersigs/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	supersigs_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	supersigs_1.2.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	supersigs_1.2.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/supersigs
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ supersigs
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/supersigs/
包下载报告	下载数据