的

DOI:10.18129 / B9.bioc.spiky

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅的。

激增校准MeDIP游离

Bioconductor版本:3.14

的实现方法和模型生成cfMeDIP(甲基化游离DNA免疫沉淀反应)与激增的控制。CfMeDIP是稀缺的浓缩协议避免破坏性转换模板,使其作为一个理想的“液体活检,但创建特定的挑战在标本比较结果,主题,并实验。使用合成的激增使诊断标准的寡核苷酸cfMeDIP定量学科之间互相比较测试样本,进行实验,时间点在两个相对和绝对条件。

作者:萨曼莎·威尔逊(aut)、约旦Veldboom[所有],劳伦·哈蒙(aut)蒂姆Triche (aut (cre)

维护人员:蒂姆Triche < trichelab gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“的”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes(“的”)

HTML	R脚本	与激增的:分析cfMeDIP-seq数据控件
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文本		新闻

细节

biocViews	DNAMethylation,DifferentialMethylation,归一化,预处理,质量控制,测序,软件
版本	1.0.0
Bioconductor自	BioC 3.14 (r - 4.1)(< 6个月)
许可证	GPL-2
取决于	Rsamtools,GenomicRangesR (> = 3.6.0)
进口	统计数据,尺度,bamlss、方法、工具IRanges,Biostrings,GenomicAlignments,BlandAltmanLeh,GenomeInfoDb,BSgenome,S4Vectors、图形、ggplot2,跑龙套
链接
建议	covr,testthat,equatiomatic,universalmotif,烤肉串,ComplexHeatmap,rmarkdown,减价,knitr,devtools,BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10.masked,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38.masked,BiocManager
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/trichelab/spiky
BugReports	https://github.com/trichelab/spiky/issues
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包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	spiky_1.0.0.tar.gz
Windows二进制	spiky_1.0.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	spiky_1.0.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/spiky
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/的
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/spiky/
包下载报告	下载数据