soGGi

DOI:10.18129 / B9.bioc.soGGi

此包适用于Bioconductor 3.14版;有关稳定的最新发布版本，请参见soGGi。

将ChIP-seq, MNase-seq和motif的出现可视化为分组基因组间隔的汇总图

Bioconductor版本:3.14

soGGi包提供了一个工具集，用于从BAM和bigWig文件以及PWM、rlelist、GRanges和GAlignments Bioconductor对象中创建信号或motif发生的基因组间隔聚合/汇总图。soGGi允许在汇总图对象上和之间进行规范化、转换和算术操作，以及通过GRanges对象和用户提供的元数据对图进行分组和子集。使用GGplot2库创建图，以允许用户对返回的图对象进行自定义操作。结合在一起，soGGi具有一套广泛的方法，可以在基因组间隔组(如基因、超增强子和转录因子结合事件)的背景下可视化基因组数据。

作者:Gopuraja Dharmalingam, Doug Barrows, Tom Carroll

维护者:Tom Carroll

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“soGGi”)

PDF	R脚本	soggi
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ChIPSeq，报道，测序，软件
版本	1.26.0
在Bioconductor	BioC 3.1 (R-3.2)(7年)
许可证	GPL (>= 3)
取决于	R (>= 3.2.0)，BiocGenerics，SummarizedExperiment
进口	方法,reshape2，ggplot2，S4Vectors，IRanges，GenomeInfoDb，GenomicRanges，Biostrings，Rsamtools，GenomicAlignments，rtracklayer，preprocessCore，chipseq，BiocParallel
链接
建议	testthat，BiocStyle，knitr
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我	profileplyr
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	soGGi_1.26.0.tar.gz
Windows二进制	soGGi_1.26.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	soGGi_1.26.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/soGGi
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/soGGi
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/soGGi/
软件包下载报告	下载数据