紧身的

DOI:10.18129 / B9.bioc.slinky

这个包是弃用。它可能会从Bioconductor删除。请参考包临终的指导方针为更多的信息。

这个包是Bioconductor的3.14版本。这个包已经从Bioconductor删除。最后稳定,最新的发布版本,请参阅紧身的。

把距离L1000数据分析的乐趣

Bioconductor版本:3.14

包装器查询L1000元数据可以通过线索。io REST API以及助手处理距离gctx文件,提取感兴趣的数据集,将SummarizedExperiment对象,和一些设施来执行简化微分表达式对这些数据集的分析。

作者:Eric Kort (aut (cre)

维修工:Eric Kort < Eric。在vai.org kort >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“紧身”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes(“紧身”)

HTML	R脚本	距离分析紧身
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	DataImport,DifferentialExpression,GeneExpression,GeneSetEnrichment,PatternLogic,软件,ThirdPartyClient
版本	1.12.0
Bioconductor自	BioC 3.8 (r - 3.5)(3.5年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 4.1)
进口	SummarizedExperiment,旋度,dplyr,foreach,httr统计,跑龙套、方法readr,rhdf5,jsonlite,tidyr
链接
建议	晶洞,doParallel,testthat,knitr,rmarkdown,ggplot2,Rtsne,Biobase,BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	slinky_1.12.0.tar.gz
Windows二进制	slinky_1.12.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	slinky_1.12.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/slinky
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/紧身
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/slinky/
包下载报告	下载数据