弹弓

DOI:10.18129 / B9.bioc.slingshot

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅弹弓

订购单细胞测序的工具

Bioconductor版本:3.14

为推断提供了函数连续,分支家族结构的低维数据。弹弓设计模型发展轨迹在单细胞RNA序列数据和作为一个组件在一个分析降维后管道和集群。它足够灵活,可以处理任意多分支事件和允许的先验知识通过监督图施工。

作者:凯利街(cre, aut cph],大卫。Risso (aut),迪亚Das (aut) Sandrine Dudoit(黑色),柯恩Van den Berge[所有],Robrecht Cannoodt[所有]( rcannood)

维护人员:凯利街<街。凯利在gmail.com >

从内部引用(R,回车引用(“弹弓”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“弹弓”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes(“弹弓”)

HTML R脚本 微分拓扑:沿着轨迹对比条件
HTML R脚本 弹弓:轨迹为单细胞数据推理
PDF 参考手册

细节

biocViews 聚类,DifferentialExpression,GeneExpression,RNASeq,测序,SingleCell,软件,转录组,可视化
版本 2.2.1
Bioconductor自 BioC 3.8 (r - 3.5)(3.5年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 R (> = 4.0),princurve(> = 2.0.4),统计数据,TrajectoryUtils
进口 图形、grDevicesigraph,matrixStats、方法、S4Vectors,SingleCellExperiment,SummarizedExperiment
链接
建议 BiocGenerics,BiocStyle,clusterExperiment,DelayedMatrixStats,knitr,mclust,mgcv,RColorBrewer,rgl,rmarkdown,testthat,uwot,covr
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports https://github.com/kstreet13/slingshot/issues
取决于我 OSCA.advanced
进口我 调味品,tradeSeq,traviz
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 slingshot_2.2.1.tar.gz
Windows二进制 slingshot_2.2.1.zip
macOS 10.13(高山脉) slingshot_2.2.1.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/slingshot
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/弹弓
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/slingshot/
包下载报告 下载数据

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  • 支持网站——关于Bioconductor包的问题
  • 正常词 开发人员邮件列表,包bob电竞体育官网