弹弓
DOI:10.18129 / B9.bioc.slingshot
这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅弹弓。
订购单细胞测序的工具
Bioconductor版本:3.14
为推断提供了函数连续,分支家族结构的低维数据。弹弓设计模型发展轨迹在单细胞RNA序列数据和作为一个组件在一个分析降维后管道和集群。它足够灵活,可以处理任意多分支事件和允许的先验知识通过监督图施工。
作者:凯利街(cre, aut cph],大卫。Risso (aut),迪亚Das (aut) Sandrine Dudoit(黑色),柯恩Van den Berge[所有],Robrecht Cannoodt[所有](
维护人员:凯利街<街。凯利在gmail.com >
从内部引用(R,回车引用(“弹弓”)):
安装
安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“弹弓”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
文档
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes(“弹弓”)
| HTML | R脚本 | 微分拓扑:沿着轨迹对比条件 |
| HTML | R脚本 | 弹弓:轨迹为单细胞数据推理 |
| 参考手册 |
细节
| biocViews | 聚类,DifferentialExpression,GeneExpression,RNASeq,测序,SingleCell,软件,转录组,可视化 |
| 版本 | 2.2.1 |
| Bioconductor自 | BioC 3.8 (r - 3.5)(3.5年) |
| 许可证 | 艺术- 2.0 |
| 取决于 | R (> = 4.0),princurve(> = 2.0.4),统计数据,TrajectoryUtils |
| 进口 | 图形、grDevicesigraph,matrixStats、方法、S4Vectors,SingleCellExperiment,SummarizedExperiment |
| 链接 | |
| 建议 | BiocGenerics,BiocStyle,clusterExperiment,DelayedMatrixStats,knitr,mclust,mgcv,RColorBrewer,rgl,rmarkdown,testthat,uwot,covr |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | |
| BugReports | https://github.com/kstreet13/slingshot/issues |
| 取决于我 | OSCA.advanced |
| 进口我 | 调味品,tradeSeq,traviz |
| 建议我 | |
| 我的链接 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
| 源包 | slingshot_2.2.1.tar.gz |
| Windows二进制 | slingshot_2.2.1.zip |
| macOS 10.13(高山脉) | slingshot_2.2.1.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/slingshot |
| 源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/弹弓 |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/slingshot/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
