singscore

DOI:10.18129 / B9.bioc.singscore

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅singscore

Rank-based single-sample基因设置评分法

Bioconductor版本:3.14

一个简单single-sample基因签名计分法,使用rank-based统计分析样本的基因表达谱。分数的表达活动基因集single-sample层面。

作者:Ruqian律(aut,施莱),Momeneh Foroutan (aut,施莱),Dharmesh d Bhuva (aut (cre)

维护人员:Dharmesh d Bhuva < Bhuva。d wehi.edu.au >

从内部引用(R,回车引用(“singscore”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“singscore”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“singscore”)

HTML R脚本 单样本评分
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews GeneExpression,GeneSetEnrichment,软件
版本 1.14.0
Bioconductor自 BioC 3.7 (r - 3.5)(4年)
许可证 GPL-3
取决于 R (> = 3.6)
进口 方法、数据、图形、ggplot2grDevices,ggrepel,GSEABase,情节,tidyr,plyr,magrittr,重塑,刨边机,RColorBrewer,Biobase,BiocParallel,SummarizedExperiment,matrixStats,reshape2,S4Vectors
链接
建议 hexbin,knitr,rmarkdown,testthat
SystemRequirements
增强了
URL https://davislaboratory.github.io/singscore
BugReports https://github.com/DavisLaboratory/singscore/issues
取决于我
进口我 SingscoreAMLMutations,TBSignatureProfiler
建议我 msigdb,vissE
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 singscore_1.14.0.tar.gz
Windows二进制 singscore_1.14.0.zip
macOS 10.13(高山脉) singscore_1.14.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/singscore
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ singscore
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/singscore/
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