singleCellTK

DOI:10.18129 / B9.bioc.singleCellTK

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅singleCellTK。

全面和交互式分析单细胞RNA-Seq数据

Bioconductor版本:3.14

常见的单细胞分析运行R控制台或直接通过浏览器。包括许多功能导入、质量控制标准化,批处理校正,集群、微分表达式,和可视化。

作者:王一尘(aut (cre),Irzam Sarfraz (aut)瑞香港(aut) Yusuke四郎(aut)的萨拉姆Alabdullatif (aut),大卫·詹金斯(aut),维迪雅Akavoor (aut) Xinyun曹(aut) Shruthi Bandyadka (aut),阿纳斯塔西娅Leshchyk (aut),泰勒做(aut),穆罕默德Muzamil汗(aut),哲王(aut), w·埃文约翰逊(aut),约书亚·大卫·坎贝尔(aut)

维护人员:王一尘< wangych bu.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“singleCellTK”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“singleCellTK”)

HTML	R脚本	1。介绍singleCellTK
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	对齐,聚类,DifferentialExpression,GeneExpression,ImmunoOncology,SingleCell,软件
版本	测试盒框
Bioconductor自	BioC 3.7 (r - 3.5)(4年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 4.0),SummarizedExperiment,SingleCellExperiment,DelayedArray,Biobase
进口	猿,后面;,BiocParallel,celldex,colourpicker,色彩,cowplot,集群,ComplexHeatmap,data.table,DelayedMatrixStats,DESeq2,dplyr,DT,ExperimentHub,字段,ggplot2,ggplotify,ggrepel,ggtree,gridExtra,GSVA(> = 1.26.0),GSVAdata,igraph,KernSmooth,limma,桅杆,矩阵,matrixStats、方法、msigdbr,乘,情节,RColorBrewer,ROCR,Rtsne,S4Vectors,嘘,scMerge(> = 1.2.0),食物,修拉(> = 3.1.3)闪亮的,shinyjs,单,股东价值分析,reshape2,AnnotationDbi,shinyalert,circlize,enrichR,celda,shinycssloaders,DropletUtils,scds(> = 1.2.0),网状(> = 1.14),工具,tximport,鱼池,withr,GSEABase,R.utils,zinbwave,scRNAseq(> = 2.0.2),TENxPBMCData,yaml,rmarkdown,magrittr,scDblFinder,metap,VAM(> = 0.5.3),宠物猫,rlang,统计数据
链接
建议	testthat,Rsubread,BiocStyle,knitr,lintr,xtable,拼写,org.Mm.eg.db,stringr,kableExtra,shinythemes,shinyBS,shinyjqui,shinyWidgets,shinyFiles,BiocGenerics
SystemRequirements
增强了
URL	https://www.camplab.net/sctk/
BugReports	https://github.com/compbiomed/singleCellTK/issues
取决于我
进口我
建议我	celda
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	singleCellTK_2.4.0.tar.gz
Windows二进制	singleCellTK_2.4.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	singleCellTK_2.4.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/singleCellTK
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ singleCellTK
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/singleCellTK/
包下载报告	下载数据