sincell

DOI:10.18129 / B9.bioc.sincell

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅sincell。

R包细胞状态的统计评估层次结构从单细胞RNA-seq数据

Bioconductor版本:3.14

细胞分化过程是通过连续的层次中间可能被单细胞RNA seq的形态。现有计算方法从单细胞形态层次结构数据的评估可能会下正式的通用工作流i)组成的一个指标来评估细胞间相似性与降维一步(组合),和(二)graph-building算法(可选利用cells-clustering一步)。Sincell R包实现了一个方法论的工具箱允许灵活的工作流在这样的框架。此外,Sincell新算法有助于提供形态层次结构与统计的支持而占单细胞RNA seq随机因素。提供图形化表达和功能关联测试解释层次结构。

作者:Miguel茱莉亚< migueljuliamolina gmail.com > Amalio Telenti < atelenti jcvi.org >,安东尼奥Rausell <安东尼奥。在isb-sib.ch rausell >

维修工:米盖尔茱莉亚< migueljuliamolina gmail.com >,安东尼奥Rausell <安东尼奥。在isb-sib.ch rausell >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“sincell”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“sincell”)

PDF	R脚本	Sincell:分析层次结构从单细胞RNA-seq的细胞状态
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	BiomedicalInformatics,CellBiology,聚类,FunctionalGenomics,GeneExpression,GeneSetEnrichment,GraphAndNetwork,ImmunoOncology,RNASeq,测序,软件,SystemsBiology,可视化
版本	1.26.0
Bioconductor自	BioC 3.1 (r - 3.2)(7年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (> = 3.0.2),igraph
进口	Rcpp(> = 0.11.2),熵,scatterplot3d,质量,茶匙,ggplot2,reshape2,字段,代理平行,Rtsne,fastICA,集群,statmod
链接	Rcpp
建议	BiocStyle,knitr,biomaRt,stringr,单片眼镜
SystemRequirements
增强了
URL	//www.anjoumacpherson.com/
取决于我
进口我	ctgGEM
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	sincell_1.26.0.tar.gz
Windows二进制	sincell_1.26.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	sincell_1.26.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/sincell
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ sincell
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/sincell/
包下载报告	下载数据