simplifyEnrichment

DOI:10.18129 / B9.bioc.simplifyEnrichment

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅simplifyEnrichment。

简化功能富集的结果

Bioconductor版本:3.14

一种新的聚类算法,二进制,聚类相似度矩阵的功能角度implemeted在这个包中。它还厂商为可视化功能,总结和比较聚类。

作者:Zuguang Gu (aut (cre)

维护人员:Zuguang顾< z。顾在dkfz.de >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“simplifyEnrichment”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“simplifyEnrichment”)

HTML	R脚本	1。简化功能富集的结果
HTML	R脚本	2。词云注释
HTML	R脚本	3所示。一个闪亮的应用交互可视化聚类结果
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	聚类,去,GeneSetEnrichment,软件,可视化
版本	1.4.0
Bioconductor自	BioC 3.12 (r - 4.0)(1.5年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 3.6.0),BiocGenerics、网格
进口	GOSemSim,ComplexHeatmap(第2.7.4 > =)circlize,GetoptLong,消化,tm,GO.db,org.Hs.eg.db,AnnotationDbi,大满贯、方法、线索grDevices图形,统计,跑龙套,proxyC,矩阵,集群(> = 1.14.2)
链接
建议	knitr,ggplot2,cowplot,mclust,apcluster,制程,dbscan,igraph,gridExtra,dynamicTreeCut,testthat,gridGraphics,clusterProfiler,msigdbr,剂量,DO.db,reactome.db,flexclust,BiocManager,InteractiveComplexHeatmap(> = 0.99.11),闪亮的,shinydashboard,可乐,hu6800.db,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/jokergoo/simplifyEnrichmenthttps://simplifyEnrichment.github.io
取决于我
进口我
建议我	可乐,InteractiveComplexHeatmap
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	simplifyEnrichment_1.4.0.tar.gz
Windows二进制	simplifyEnrichment_1.4.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13(高山脉)	simplifyEnrichment_1.4.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/simplifyEnrichment
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ simplifyEnrichment
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/simplifyEnrichment/
包下载报告	下载数据