sevenC

DOI:10.18129 / B9.bioc.sevenC

此包适用于Bioconductor 3.14版;有关稳定的最新发布版本，请参见sevenC．

利用ChIP-seq在CTCF基序上的相关性捕获计算染色体构象

Bioconductor版本:3.14

染色质环是真核生物基因组的一个基本特征，它可以使调控序列，如增强子或转录因子结合位点，在调控靶基因的物理附近。在这里，我们提供了sevenC，一个R包，使用来自ChIP-seq的蛋白质结合信号和序列motif信息来预测染色质环事件。与环锚点紧密结合的交联蛋白在两个锚点位点上产生ChIP-seq信号。这些信号连同它们之间的距离和方向被用于CTCF基序对，以预测它们是否相互作用。由此产生的染色质环可用于将增强子或转录因子结合位点(例如ChIP-seq峰)与调控靶基因相关联。

作者:乔纳斯·伊本·塞勒姆[aut, cre]

维护者:乔纳斯·伊本·塞勒姆<乔纳斯。伊本·塞勒姆在tron-mainz.de>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“sevenC”)

超文本标记语言	R脚本	sevenC简介
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	注释，ChIPSeq，ChIPchip，分类，报道，DNA3DStructure，DataImport，表观遗传学，FunctionalGenomics，嗝，回归，软件
版本	1.14.0
在Bioconductor	BioC 3.7 (R-3.5)(4年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 3.5)，InteractionSet(> = 1.2.0)
进口	rtracklayer(> = 1.34.1),BiocGenerics(> = 0.22.0),GenomeInfoDb(> = 1.12.2),GenomicRanges(> = 1.28.5),IRanges(> = 2.10.3),S4Vectors(> = 0.14.4),readr(> = 1.1.0版),purrr(> = 0.2.2),data.table(> = 1.10.4),引导(>= 1.3-20)，方法(>= 3.4.1)
链接
建议	testthat，BiocStyle，knitr，rmarkdown，GenomicInteractions，covr
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/ibn-salem/sevenC
BugReports	https://github.com/ibn-salem/sevenC/issues
全靠我
进口我
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包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	sevenC_1.14.0.tar.gz
Windows二进制	sevenC_1.14.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	sevenC_1.14.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/sevenC
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/sevenC
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/sevenC/
软件包下载报告	下载数据