芝麻
DOI:10.18129 / B9.bioc.sesame
这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅芝麻。
明智的DNA甲基化BeadChips的步进式分析
Bioconductor版本:3.14
工具分析Illumina公司英飞纳姆DNA甲基化数组。芝麻提供实用工具来支持分析多个代英飞纳姆DNA甲基化BeadChips,包括预处理、质量控制、可视化和推理。芝麻特性更准确的检测要求,intelligenet推理种族、性别和先进的质量控制程序。
作者:周扫读(aut (cre),回族沈(aut),盖Triche[所有],布雷特·巴恩斯(施)
维护人员:扫读周< zhouwanding gmail.com >
从内部引用(R,回车引用(“芝麻”)):
安装
安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“芝麻”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
文档
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes(“芝麻”)
| HTML | R脚本 | 0。基本用法 |
| HTML | R脚本 | 1。质量控制 |
| HTML | R脚本 | 2。非人类的数组 |
| HTML | R脚本 | 3所示。建模 |
| HTML | R脚本 | 4所示。数据推理 |
| HTML | R脚本 | 5。其他功能 |
| HTML | R脚本 | 6。knowYourCG |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 | |
| 文本 | 许可证 |
细节
| biocViews | DNAMethylation,MethylationArray,预处理,质量控制,软件 |
| 版本 | 1.12.9 |
| Bioconductor自 | BioC 3.8 (r - 3.5)(3.5年) |
| 许可证 | 麻省理工学院+文件许可证 |
| 取决于 | R (> = 4.1),sesameData、方法 |
| 进口 | BiocParallelgrDevices跑龙套,stringr,宠物猫,illuminaio,质量,GenomicRanges,IRanges、网格preprocessCore,S4Vectors,randomForest,wheatmap,ggplot2、图形、KernSmooth平行,matrixStats,DNAcopy统计数据,SummarizedExperiment,e1071,fgsea,ggrepel,reshape2 |
| 链接 | |
| 建议 | 尺度,knitr,rmarkdown,testthat,dplyr,tidyr,BiocStyle,IlluminaHumanMethylation450kmanifest,minfi,FlowSorted.CordBloodNorway.450k,FlowSorted.Blood.450k,HDF5Array |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | https://github.com/zwdzwd/sesame |
| BugReports | https://github.com/zwdzwd/sesame/issues |
| 取决于我 | |
| 进口我 | TCGAbiolinksGUI |
| 建议我 | MethReg,RnBeads,sesameData,TCGAbiolinks |
| 我的链接 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
| 源包 | sesame_1.12.9.tar.gz |
| Windows二进制 | sesame_1.12.9.zip |
| macOS 10.13(高山脉) | sesame_1.12.9.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/sesame |
| 源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/芝麻 |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/sesame/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
