seqLogo

DOI:10.18129 / B9.bioc.seqLogo

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅seqLogo。

DNA序列比对的序列标识

Bioconductor版本:3.14

seqLogo需要位置权重矩阵的一个DNA序列的主题和情节的相应序列标识引入施耐德和史蒂芬斯(1990)。

作者:奥利弗Bembom (aut),罗伯特·Ivanek (aut (cre)

维护人员:罗伯特Ivanek <罗伯特。在unibas.ch ivanek >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“seqLogo”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“seqLogo”)

HTML	R脚本	DNA序列比对的序列标识
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	SequenceMatching,软件
版本	1.60.0
Bioconductor自	BioC 2.0 (r - 2.5)(15年)
许可证	LGPL (> = 2)
取决于	方法、网格
进口	stats4, grDevices
链接
建议	knitr,BiocStyle,rmarkdown,testthat
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/ivanek/seqLogo/issues
取决于我	generegulation,rGADEM
进口我	igvR,感兴趣,PWMEnrich,rGADEM,riboSeqR,scanMiR,分裂,TFBSTools
建议我	BCRANK,DiffLogo,MAGAR,motifcounter,MotifDb,universalmotif
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	seqLogo_1.60.0.tar.gz
Windows二进制	seqLogo_1.60.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13(高山脉)	seqLogo_1.60.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/seqLogo
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ seqLogo
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/seqLogo/
包下载报告	下载数据