seqCAT

DOI:10.18129 / B9.bioc.seqCAT

此包适用于Bioconductor 3.14版;有关稳定的最新发布版本,请参见seqCAT

高通量测序细胞认证工具包

Bioconductor版本:3.14

seqCAT包使用来自高通量测序技术的变体调用数据(以VCF文件的形式)来验证和验证科学研究中使用的生物样本的来源、功能和特征。

作者:Erik Fasterius [aut, cre]

维护者:Erik Fasterius < Erik。Fasterius在outlook.com>

引文(从R内,输入引用(“seqCAT”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“seqCAT”)

超文本标记语言 R脚本 seqCAT:高通量测序细胞认证工具包
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews 报道GenomicVariation测序软件VariantAnnotation
版本 1.16.1
在Bioconductor BioC 3.6 (R-3.4)(4.5年)
许可证 MIT +文件许可证
取决于 R (>= 3.6),GenomicRanges(> = 1.26.4),VariantAnnotation(> = 1.20.3)
进口 dplyr(> = 0.5.0),GenomeInfoDb(> = 1.13.4),ggplot2(>= 2.2.1),网格(>= 3.5.0),IRanges(>= 2.8.2),方法rtracklayerrlang尺度(> = 0.4.1),S4Vectors(>= 0.12.2),统计,SummarizedExperiment(> = 1.4.0),tidyr(>= 0.6.1), utils
链接
建议 knitrBiocStylermarkdowntestthatBiocManager
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 seqCAT_1.16.1.tar.gz
Windows二进制 seqCAT_1.16.1.zip
macOS 10.13 (High Sierra) seqCAT_1.16.1.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/seqCAT
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/seqCAT
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/seqCAT/
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