segmentSeq

DOI:10.18129 / B9.bioc.segmentSeq

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅segmentSeq。

方法从高通量测序数据识别小RNA基因座

Bioconductor版本:3.14

高通量测序技术允许生产大量的短序列,可以对齐到基因组创建一组匹配的基因组。通过寻找的基因组区域密度较高的匹配,我们可以推断出一个细分的基因组生物学意义的地区。这个包中的方法允许从多个样本同时分割数据,考虑到复制数据,以创建一个共识分割。这有明显的应用程序的类测序实验,特别是在发现小RNA基因座和小说mRNA转录组的发现。

作者:Thomas j . Hardcastle

维护人员:托马斯·Hardcastle < tjh48在cam.ac.uk >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“segmentSeq”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“segmentSeq”)

PDF	R脚本	segmentSeq:小RNA轨迹检测
PDF	R脚本	segmentsSeq:甲基化位点识别
PDF		参考手册

细节

biocViews	对齐,DataImport,DifferentialExpression,MultipleComparison,质量控制,测序,软件
版本	2.28.0
Bioconductor自	BioC 2.6 (r - 2.11)(12年)
许可证	GPL-3
取决于	R(> = 3.0.0)、方法baySeq(> = 2.9.0),S4Vectors平行,GenomicRanges,ShortRead,统计数据
进口	Rsamtools,IRanges,GenomeInfoDb、图形grDevices跑龙套,abind
链接
建议	BiocStyle,BiocGenerics
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	segmentSeq_2.28.0.tar.gz
Windows二进制	segmentSeq_2.28.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13(高山脉)	segmentSeq_2.28.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/segmentSeq
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ segmentSeq
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/segmentSeq/
包下载报告	下载数据