用水晶球占卜

DOI:10.18129 / B9.bioc.scry

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅用水晶球占卜。

Small-Count高维数据分析方法

Bioconductor版本:3.14

许多现代生物数据集包含的小数量不符合的标准linear-Gaussian主成分分析等方法。基于这个包提供了实现的点特征选择和降维算法。这些方法可以用来促进无监督的分析任何单细胞RNA-seq等高维数据。

作者:凯利街(aut (cre), f·威廉·汤斯(aut (cph),大卫。Risso (aut),斯蒂芬妮·希克斯(aut)

维护人员:凯利街<街。凯利在gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“用水晶球占卜”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes(“用水晶球占卜”)

HTML	R脚本	用水晶球占卜方法的概述
HTML	R脚本	用水晶球占卜方法更大的数据集
PDF		参考手册

细节

biocViews	DimensionReduction,GeneExpression,归一化,PrincipalComponent,RNASeq,测序,SingleCell,软件,转录组
版本	1.6.0
Bioconductor自	BioC 3.11 (r - 4.0)(2年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(> = 4.0),统计数据,方法
进口	DelayedArray,glmpca(> = 0.2.0),HDF5Array,矩阵,SingleCellExperiment,SummarizedExperiment,BiocSingular
链接
建议	减价,BiocGenerics,covr,DuoClustering2018,ggplot2,knitr,rmarkdown,TENxPBMCData,testthat
SystemRequirements
增强了
URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/scry.html
BugReports	https://github.com/kstreet13/scry/issues
取决于我
进口我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	scry_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	scry_1.6.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	scry_1.6.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scry
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/用水晶球占卜
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/scry/
包下载报告	下载数据