scoreInvHap

DOI:10.18129 / B9.bioc.scoreInvHap

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅scoreInvHap。

在预定义的地区得到反演状态

Bioconductor版本:3.14

scoreInvHap可以得到样品的反转状态已知的反演。scoreInvHap使用SNP数据作为输入,需要以下信息反演:基因型频率在不同的单体型,R2地区SNPs和反转状态和杂合子基因型之间的参考。包包括21这个数据反演。

作者:卡洛斯·鲁伊斯(aut),悲哀Pelegri (aut),胡安·r·冈萨雷斯(aut (cre)

维护人员:悲哀Pelegri-Siso <悲哀。在isglobal.org pelegri >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“scoreInvHap”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“scoreInvHap”)

HTML	R脚本	基因分型结果反演与scoreInvHap
PDF		参考手册
文本		许可证

细节

biocViews	遗传学,GenomicVariation,单核苷酸多态性,软件
版本	1.16.0
Bioconductor自	BioC 3.6 (r - 3.4)(4.5年)
许可证	文件许可证
取决于	R (> = 3.6.0)
进口	Biostrings、方法、snpStats,VariantAnnotation,GenomicRanges,BiocParallel、图形、SummarizedExperiment
链接
建议	testthat,knitr,BiocStyle,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	scoreInvHap_1.16.0.tar.gz
Windows二进制	scoreInvHap_1.16.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	scoreInvHap_1.16.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scoreInvHap
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ scoreInvHap
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/scoreInvHap/
包下载报告	下载数据