嘘
DOI:
10.18129 / B9.bioc.scater
这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅嘘。
单细胞分析工具箱在R基因表达数据
Bioconductor版本:3.14
一组工具做各种单细胞RNA-seq基因表达数据的分析,重点是质量控制和可视化。
作者:戴维斯麦卡锡(aut),基兰·坎贝尔(aut),亚伦Lun (aut,施莱),五胞胎遗嘱(aut),弗拉基米尔·Kiselev[所有],菲利克斯通用恩斯特(施),艾伦·奥卡拉汉(施,cre)
维修工:艾伦·奥卡拉汉<阿兰。在outlook.com ocallaghan >
安装
安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“嘘”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
文档
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes(“嘘”)
细节
| biocViews |
报道,DataImport,DataRepresentation,DimensionReduction,GeneExpression,ImmunoOncology,基础设施,归一化,预处理,质量控制,RNASeq,测序,SingleCell,软件,转录组,可视化 |
| 版本 |
1.22.0 |
| Bioconductor自 |
BioC 3.3 (r - 3.3)(6年) |
| 许可证 |
GPL-3 |
| 取决于 |
SingleCellExperiment,天窗,ggplot2 |
| 进口 |
统计数据、跑龙套、方法、网格gridExtra,矩阵,BiocGenerics,S4Vectors,SummarizedExperiment,DelayedArray,DelayedMatrixStats,beachmat,BiocNeighbors,BiocSingular,BiocParallel,rlang,ggbeeswarm,冬青,Rtsne,RColorBrewer,ggrepel |
| 链接 |
|
| 建议 |
BiocStyle,biomaRt,cowplot,命运,knitr,scRNAseq,robustbase,rmarkdown,uwot,NMF,testthat,pheatmap,一口,Biobase |
| SystemRequirements |
|
| 增强了 |
|
| URL |
//www.anjoumacpherson.com/packages/scater/ |
| BugReports |
https://support.bioconductor.org/ |
| 取决于我 |
netSmooth |
| 进口我 |
airpart,BayesSpace,催化剂,celda,CelliD,CellMixS,ChromSCape,conclus,截然不同的,火焰,IRISFGM,米娅,miaViz,马斯喀特,peco,pipeComp,scDblFinder,scPipe,scTreeViz,singleCellTK,猎犬,spatialLIBD,飞溅,三轮车,VAExprs |
| 建议我 |
后面;,咆哮,CellaRepertorium,CellTrails,Cepo,CiteFuse,curatedMetagenomicData,dittoSeq,DuoClustering2018,ExperimentSubset,fcoex,ggspavis,Glimma,HCAData,InteractiveComplexHeatmap,iSEE,iSEEu,M3Drop,桅杆,mbkmeans,miloR,miQC,单片眼镜,mumosa,muscData,Nebulosa,netDx,SC3,SCArray,scds,schex,散粒,scMerge,司康饼,scp,食物,scRepertoire,simpleSingleCell,SingleCellMultiModal,单,激流回旋,一口,spatialHeatmap,SummarizedBenchmark,TabulaMurisData,tidySingleCellExperiment,traviz,肺结核,伶盗龙,waddR |
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