这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅scanMiR。
Bioconductor版本:3.14
一组工具处理microrna的关联模型(KdModels),有效扫描microrna的结合位点,并预测目标镇压。它支持扫描使用microrna的种子,完整的microrna的序列(启用3 '对齐)和KdModels,包括切片和TDMD网站的预测。最后,它包括工具和绘图功能的可视化表示形式(例如miRNA-target对齐)。
作者:Pierre-Luc日尔曼(aut),迈克尔Soutschek (aut) Fridolin总值(cre, aut)
维护人员:Fridolin < Fridolin总值。总在hest.ethz.ch >
从内部引用(R,回车引用(“scanMiR”)
):
安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“scanMiR”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“scanMiR”)
HTML | R脚本 | 1 _scanning |
HTML | R脚本 | 2 _kdmodels |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | 对齐,SequenceMatching,软件,microrna的 |
版本 | 1.0.0 |
Bioconductor自 | BioC 3.14 (r - 4.1)(< 6个月) |
许可证 | GPL-3 |
取决于 | R (> = 4.0) |
进口 | Biostrings,GenomicRanges,IRanges,data.table,BiocParallel、方法、GenomeInfoDb,S4Vectors,ggplot2统计数据,stringi、跑龙套、图形、网格gridExtra,seqLogo |
链接 | |
建议 | knitr,rmarkdown,BiocStyle,testthat(> = 3.0.0) |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | |
取决于我 | |
进口我 | scanMiRApp,scanMiRData |
建议我 | |
我的链接 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
源包 | scanMiR_1.0.0.tar.gz |
Windows二进制 | scanMiR_1.0.0.zip |
macOS 10.13(高山脉) | scanMiR_1.0.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scanMiR |
源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ scanMiR |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/scanMiR/ |
包下载报告 | 下载数据 |