scTreeViz

DOI:10.18129 / B9.bioc.scTreeViz

此包适用于Bioconductor 3.14版;有关稳定的最新发布版本，请参见scTreeViz．

R/Bioconductor包可以交互式地探索和可视化具有层次注释的单细胞RNA-seq数据集

Bioconductor版本:3.14

scTreeViz提供类来支持交互式数据聚合和单细胞RNA-seq数据集的可视化，这些数据集具有不同分辨率的细胞集群等层次结构。' TreeIndex '类提供了管理层次结构的方法，并按给定分辨率或跨分辨率分割树。' TreeViz '类扩展了' summarizeexperiment '，可以对集群定义的计数矩阵进行快速聚合。

作者:Jayaram Kancherla [aut, cre]， Hector Corrada Bravo [aut]， Kazi Tasnim Zinat [aut]， Stephanie Hicks [aut]

维护者:Jayaram Kancherla < Jayaram。Kancherla在gmail.com>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“scTreeViz”)

超文本标记语言	R脚本	使用scTreeViz探索数据
PDF		参考手册

细节

biocViews	GUI，基础设施，SingleCell，软件，可视化
版本	1.0.0
在Bioconductor	BioC 3.14 (R-4.1)(< 6个月)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(>= 4.0)，方法，epivizr，SummarizedExperiment
进口	data.table，S4Vectors，消化，矩阵，Rtsne，httr，igraph，clustree，食物，sys，epivizrData，epivizrServer，ggraph，嘘，修拉，SingleCellExperiment，ggplot2，统计，效用
链接
建议	knitr，BiocStyle，testthat，SC3，scRNAseq，rmarkdown，msd16s，metagenomeSeq，epivizrStandalone，GenomeInfoDb
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	scTreeViz_1.0.0.tar.gz
Windows二进制	scTreeViz_1.0.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	scTreeViz_1.0.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scTreeViz
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/scTreeViz
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/scTreeViz/
软件包下载报告	下载数据