scGPS

DOI:10.18129 / B9.bioc.scGPS

此包适用于Bioconductor 3.14版;有关稳定的最新发布版本,请参见scGPS

单细胞亚群的完整分析,从识别亚群到分析它们之间的关系(scGPS =单细胞亚群的全球预测)

Bioconductor版本:3.14

该包实现了两个主要算法来回答两个关键问题:一个SCORE(最佳分辨率的稳定聚类)用于查找子种群,然后是scGPS用于调查子种群之间的关系。

作者:Quan Nguyen [aut, cre], Michael Thompson [aut], Anne Senabouth [aut]

维护者:Quan Nguyen < Quan。阮在uq.edu.au>

引文(从R内,输入引用(“scGPS”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("scGPS")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“scGPS”)

超文本标记语言 R脚本 单细胞全球命运亚群潜力
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews 聚类报道DataImport测序SingleCell软件
版本 1.8.0
在Bioconductor BioC 3.10 (R-3.6)(2.5年)
许可证 GPL-3
取决于 R (>= 3.6),SummarizedExperimentdynamicTreeCutSingleCellExperiment
进口 glmnet(> 2.0),脱字符号(> = 6.0),ggplot2(> = 2.2.1),fastclusterdplyrRcppRcppArmadilloRcppParallel, grDevices,图形,统计,utils,DESeq2locfit
链接 RcppRcppArmadilloRcppParallel
建议 矩阵(> = 1.2),testthatknitr平行,rmarkdownRColorBrewerReactomePAclusterProfilercowplotorg.Hs.eg.dbreshape2xlsxdendextendnetworkD3RtsneBiocParallele1071WGCNAdevtools剂量
SystemRequirements GNU使
增强了
URL
BugReports https://github.com/IMB-Computational-Genomics-Lab/scGPS/issues
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 scGPS_1.8.0.tar.gz
Windows二进制 scGPS_1.8.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra) scGPS_1.8.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scGPS
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/scGPS
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/scGPS/
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