scClassifR

DOI:10.18129 / B9.bioc.scClassifR

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此包适用于Bioconductor 3.14版。此包已从Bioconductor中删除。有关最新的稳定发布版本，请参见scClassifR．

预训练学习模型用于单细胞rna测序数据上的细胞类型预测

Bioconductor版本:3.14

该软件包包括一组预先训练的机器学习模型，用于预测基本的免疫细胞类型。这使得所有用户都可以快速获得数据集中出现的单元格类型的第一个注释，而不需要先验知识。scClassifR还允许用户根据特定的研究需求训练自己的模型来预测新的细胞类型。

作者:Vy Nguyen [aut]，约翰尼斯·格里斯[cre]

维护者:Johannes Griss < Johannes。Griss在meduniwien.ac.at>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“scClassifR”)

超文本标记语言	R脚本	1.scClassifR简介
超文本标记语言	R脚本	2.训练基本模型
超文本标记语言	R脚本	3.训练儿童模型
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	分类，GeneExpression，SingleCell，软件，SupportVectorMachine，转录组
版本	1.2.0
在Bioconductor	BioC 3.13 (R-4.1)(1年)
许可证	MIT +文件许可证
取决于	R (>= 4.1)，修拉，SingleCellExperiment，SummarizedExperiment
进口	dplyr，ggplot2，脱字符号，ROCR，pROC，data.tree，方法，统计，e1071，猿，kernlab,跑龙套
链接
建议	knitr，rmarkdown，scRNAseq，testthat
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	scClassifR_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	scClassifR_1.2.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	scClassifR_1.2.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scClassifR
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/scClassifR
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/scClassifR/
软件包下载报告	下载数据