scCB2

DOI:10.18129 / B9.bioc.scCB2

此包适用于Bioconductor 3.14版;有关稳定的最新发布版本，请参见scCB2．

CB2提高了基于液滴的单细胞RNA测序数据的细胞检测能力

Bioconductor版本:3.14

scCB2是一个R包，实现了CB2，用于在基于液滴的单细胞RNA-seq实验中区分真实细胞和空液滴(特别是对于10倍铬)。该方法基于相似条码聚类，计算每个聚类的蒙特卡罗p值，对背景分布进行测试。这种簇级测试在处理低计数条形码和同质测序库时优于单条形码级测试，同时保持FDR得到很好的控制。

作者:倪子健[aut, cre]，陈淑阳[ctb]， Christina Kendziorski [ctb]

维护者:倪子健

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“scCB2”)

超文本标记语言	R脚本	CB2提高了基于液滴的单细胞RNA测序数据的细胞检测能力
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	聚类，DataImport，GeneExpression，预处理，RNASeq，测序，SingleCell，软件，转录组
版本	1.4.0
在Bioconductor	BioC 3.12 (R-4.0)(1.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 3.6.0)
进口	SingleCellExperiment，SummarizedExperiment，矩阵，方法，utils，统计，刨边机，rhdf5平行,DropletUtils，doParallel，迭代器，foreach，修拉
链接
建议	testthat(> =魅惑,KernSmooth，beachmat，knitr，BiocStyle，rmarkdown
SystemRequirements	c++ 11
增强了
URL	https://github.com/zijianni/scCB2
BugReports	https://github.com/zijianni/scCB2/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	scCB2_1.4.0.tar.gz
Windows二进制	scCB2_1.4.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	scCB2_1.4.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scCB2
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/scCB2
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/scCB2/
软件包下载报告	下载数据