土星

DOI:10.18129 / B9.bioc.satuRn

此包适用于Bioconductor 3.14版;有关稳定的最新发布版本,请参见土星

批量和单细胞rna测序应用中差异转录本使用的可扩展分析

Bioconductor版本:3.14

satuRn为执行差异转录本使用情况分析提供了一个高性能和可扩展的框架。该软件包由三个主要功能组成。第一个函数fitDTU拟合准二项式广义线性模型,该模型模拟不同兴趣组的转录本使用情况。第二个函数testDTU测试感兴趣的组之间转录本的使用差异。最后,plotDTU可视化感兴趣的组中的转录本的使用概要。

作者:Jeroen Gilis [aut, cre], Kristoffer Vitting-Seerup [ctb], Koen Van den Berge [ctb], Lieven Clement [ctb]

维护者:杰伦·吉利斯<杰伦。Gilis在ugent, be>

引文(从R内,输入引用(“土星”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("satuRn")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“土星”)

超文本标记语言 R脚本 土星-小插图
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文本 新闻

细节

biocViews DifferentialExpressionExperimentalDesignGeneExpressionMultipleComparisonRNASeq回归测序SingleCell软件转录组可视化
版本 1.2.0
在Bioconductor BioC 3.13 (R-4.1)(1年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 R (>= 4.1)
进口 locfdrSummarizedExperimentBiocParallellimmapbapplyggplot2引导矩阵,统计,方法,图形
链接
建议 knitrrmarkdowntestthatcovrBiocStyleAnnotationHubensembldb刨边机DEXSeq经验丰富的人DelayedArray
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/statOmics/satuRn
BugReports https://github.com/statOmics/satuRn/issues
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包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 satuRn_1.2.0.tar.gz
Windows二进制 satuRn_1.2.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra) satuRn_1.2.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/satuRn
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/satuRn
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/satuRn/
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