土星

DOI:10.18129 / B9.bioc.satuRn

此包适用于Bioconductor 3.14版;有关稳定的最新发布版本，请参见土星．

批量和单细胞rna测序应用中差异转录本使用的可扩展分析

Bioconductor版本:3.14

satuRn为执行差异转录本使用情况分析提供了一个高性能和可扩展的框架。该软件包由三个主要功能组成。第一个函数fitDTU拟合准二项式广义线性模型，该模型模拟不同兴趣组的转录本使用情况。第二个函数testDTU测试感兴趣的组之间转录本的使用差异。最后，plotDTU可视化感兴趣的组中的转录本的使用概要。

作者:Jeroen Gilis [aut, cre]， Kristoffer Vitting-Seerup [ctb]， Koen Van den Berge [ctb]， Lieven Clement [ctb]

维护者:杰伦·吉利斯<杰伦。Gilis在ugent, be>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("satuRn")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“土星”)

超文本标记语言	R脚本	土星-小插图
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DifferentialExpression，ExperimentalDesign，GeneExpression，MultipleComparison，RNASeq，回归，测序，SingleCell，软件，转录组，可视化
版本	1.2.0
在Bioconductor	BioC 3.13 (R-4.1)(1年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 4.1)
进口	locfdr，SummarizedExperiment，BiocParallel，limma，pbapply，ggplot2，引导，矩阵，统计，方法，图形
链接
建议	knitr，rmarkdown，testthat，covr，BiocStyle，AnnotationHub，ensembldb，刨边机，DEXSeq，经验丰富的人，DelayedArray
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/statOmics/satuRn
BugReports	https://github.com/statOmics/satuRn/issues
全靠我
进口我
建议我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	satuRn_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	satuRn_1.2.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	satuRn_1.2.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/satuRn
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/satuRn
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/satuRn/
软件包下载报告	下载数据