rmspc

DOI:10.18129 / B9.bioc.rmspc

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅rmspc。

多个样品峰打电话

Bioconductor版本:3.14

rmspc包运行MSPC(多个样品峰打电话)软件使用r . ChIP-seq分析样本输出丰富区域数量(俗称“山峰”),每一个指示protein-DNA交互或特定的染色质修饰。当复制样品分析,预计重叠峰。这个重复的证据因此可以用来降低所需的最小意义接受本地的峰值。MSPC使用证据从复制实验评估峰值调用输出,拯救的峰值,减少假阳性。需要任何数量的复制作为输入,并改善呼吁每一个峰值的敏感性和特异性,并识别共识输入样本之间的区域。

作者:瓦希德贾利利(aut) Marzia安吉拉·克雷莫纳(aut),费尔南多Palluzzi (aut) Meriem Bahda (aut (cre)

维护人员:Meriem Bahda < meriembahda gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“rmspc”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“rmspc”)

HTML	R脚本	用户指南rmspc包
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ChIPSeq,ChipOnChip,DataImport,RNASeq,测序,软件
版本	1.0.0
Bioconductor自	BioC 3.14 (r - 4.1)(< 6个月)
许可证	GPL-3
取决于
进口	processx,BiocManager,rtracklayer、统计数据、工具、方法GenomicRanges,stringr
链接
建议	knitr,rmarkdown,BiocStyle,testthat(> = 3.0.0)
SystemRequirements	net 5.0
增强了
URL	https://genometric.github.io/MSPC/
BugReports	https://github.com/Genometric/MSPC/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	rmspc_1.0.0.tar.gz
Windows二进制	rmspc_1.0.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	rmspc_1.0.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/rmspc
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ rmspc
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/rmspc/
包下载报告	下载数据