rhdf5

DOI:10.18129 / B9.bioc.rhdf5

此包适用于Bioconductor 3.14版;有关稳定的最新发布版本,请参见rhdf5

R HDF5接口

Bioconductor版本:3.14

这个包提供了HDF5和r之间的接口。HDF5的主要功能是能够通过完全可移植的文件格式在大容量存储(磁盘)上存储和访问非常大和/或复杂的数据集和各种各样的元数据。rhdf5包因此适合于在R和其他软件包之间交换大型和/或复杂的数据集,并允许R应用程序在比可用RAM更大的数据集上工作。

作者:Bernd Fischer [aut], Mike Smith [aut, cre],格雷瓜尔·波乌[aut],马丁·摩根[ctb],丹尼尔·范·特维斯克[ctb]

维护者:Mike Smith < Mike。史密斯在embl.de>

引文(从R内,输入引用(“rhdf5”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“rhdf5”)

超文本标记语言 R脚本 在云端读取HDF5文件
超文本标记语言 R脚本 rhdf5 -用于R的HDF5接口
超文本标记语言 R脚本 rhdf5实用技巧
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews DataImport基础设施软件
版本 2.38.1
在Bioconductor BioC 1.6 (R-2.1)或更早(> 17年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 R(>= 4.0.0),方法
进口 Rhdf5lib(> = 1.13.4),rhdf5filters
链接 Rhdf5lib
建议 bit64BiocStyleknitrrmarkdowntestthat微基准测试dplyrggplot2嘲笑
SystemRequirements GNU使
增强了
URL https://github.com/grimbough/rhdf5
BugReports https://github.com/grimbough/rhdf5/issues
全靠我 GenoGAMGSCAHDF5ArrayHiCBricksLoomExperiment
进口我 BayesSpaceBgeeCallbiomformatbnbcbsseqCiteFusecmapRCoGAPSCopyNumberPlotsCRISPRseekcTRAPcytomapperdiffHicDmelSGIDropletUtilsepigraHMMEventPointer弗雷泽GenomicScoresgep2peph5vcHiCcompare电离MafH5.gnomAD.v3.1.1.GRCh38MethylSeqDataMOFA2NxtIRFcorephantasusptairDataptairMSPureCNrecountmethylationriborscCB2司康饼signatureSearchsignatureSearchData紧身的trackViewer
建议我 刨边机rhdf5filters激流回旋光谱SummarizedExperimenttximportzellkonverter
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 rhdf5_2.38.1.tar.gz
Windows二进制 rhdf5_2.38.1.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra) rhdf5_2.38.1.tgz
源库 Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/rhdf5
源存储库(开发人员访问) Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/rhdf5
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/rhdf5/
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