地区
DOI:10.18129 / B9.bioc.regioneR
这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅地区。
协会分析基于排列的基因组区域的测试
Bioconductor版本:3.14
区域统计框架提供了一个基于可定制的排列测试来评估基因组区域集之间的关系以及其他基因的功能。
作者:安娜Diez-Villanueva < adiez iconcologia.net >,罗伯托Malinverni < rmalinverni carrerasresearch.org >和< bgel在igtp.cat > Bernat凝胶
维护人员:Bernat凝胶< bgel imppc.org >
从内部引用(R,回车引用(“区域”)):
安装
安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“区域”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
文档
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes(“区域”)
| HTML | R脚本 | 地区的装饰图案 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | ChIPSeq,CopyNumberVariation,DNASeq,遗传学,MethylSeq,软件 |
| 版本 | 1.26.1 |
| Bioconductor自 | BioC 3.1 (r - 3.2)(7年) |
| 许可证 | 艺术- 2.0 |
| 取决于 | GenomicRanges |
| 进口 | memoise,GenomicRanges,IRanges,BSgenome,Biostrings,rtracklayer跑龙套、并行、图形数据,方法,GenomeInfoDb,S4Vectors、工具 |
| 链接 | |
| 建议 | BiocStyle,knitr,rmarkdown,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19.masked,testthat |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | |
| 取决于我 | karyoploteR |
| 进口我 | annotatr,ChIPpeakAnno,CNVfilteR,CopyNumberPlots,karyoploteR,RIPAT,RLSeq,UMI4Cats |
| 建议我 | CNVRanger |
| 我的链接 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
| 源包 | regioneR_1.26.1.tar.gz |
| Windows二进制 | regioneR_1.26.1.zip |
| macOS 10.13(高山脉) | regioneR_1.26.1.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/regioneR |
| 源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/地区 |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/regioneR/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
