recountmethylation

DOI:10.18129 / B9.bioc.recountmethylation

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅recountmethylation。

访问数据库和分析DNA甲基化编译

Bioconductor版本:3.14

DNA甲基化数组的访问cross-study编译数据库。数据库文件可以下载和使用提供访问功能。后台数据库文件类型(HDF5和HDF5-SummarizedExperiment), SummarizedExperiment类、数据处理和例子,验证和分析,可以发现在包小插曲。bob彩票平台注意包负载的免责声明,和咨询的主要手稿进一步信息。

作者:肖恩·K马登(cre, aut)里德F·汤普森(aut)Kasper D汉森(aut)因此Nellore (aut)

维修工:肖恩·K马登<马登在ohsu.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“recountmethylation”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“recountmethylation”)

HTML	R脚本	数据分析
HTML	R脚本	确定人口祖先从DNAm数组
HTML	R脚本	最近的邻居分析DNAm数组
HTML	R脚本	权力分析DNAm数组
HTML	R脚本	recountmethylation用户指南
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DNAMethylation,表观遗传学,ExperimentHub,MethylationArray,微阵列,软件
版本	1.4.5
Bioconductor自	BioC 3.12 (r - 4.0)(1.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 4.1)
进口	minfi,HDF5Array,rhdf5,S4Vectors、跑龙套、方法RCurl,R.utils,BiocFileCache,IlluminaHumanMethylation450kmanifest
链接
建议	knitr,testthat,ggplot2,gridExtra,rmarkdown,BiocStyle,GenomicRanges,limma,ExperimentHub,AnnotationHub
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/metamaden/recountmethylation
BugReports	https://github.com/metamaden/recountmethylation/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	recountmethylation_1.4.5.tar.gz
Windows二进制	recountmethylation_1.4.5.zip
macOS 10.13(高山脉)	recountmethylation_1.4.5.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/recountmethylation
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ recountmethylation
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/recountmethylation/
包下载报告	下载数据