rWikiPathways

DOI:10.18129 / B9.bioc.rWikiPathways

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅rWikiPathways。

rWikiPathways - R WikiPathways API客户端库

Bioconductor版本:3.14

使用这个包与WikiPathways API接口。它提供了编程访问WikiPathways内容在多个数据和图像格式,包括月度发布官方文件和格林尼治时间方便读/写功能。

作者:大多Willighagen (aut (cre),亚历克斯Pico (aut)

维护人员:大多Willighagen <大多。在gmail.com willighagen >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“rWikiPathways”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“rWikiPathways”)

HTML	R脚本	1。概述
HTML	R脚本	2。rWikiPathways和BridgeDbR
HTML	R脚本	3所示。rWikiPathways和RCy3
HTML	R脚本	4所示。路径分析
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	GraphAndNetwork,代谢组学,网络,软件,ThirdPartyClient,可视化
版本	1.14.0
Bioconductor自	BioC 3.7 (r - 3.5)(4年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于
进口	httr跑龙套,XML,rjson,data.table,tidyr,RCurl
链接
建议	testthat,BiocStyle,knitr,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/wikipathways/rwikipathways
BugReports	https://github.com/wikipathways/rwikipathways/issues
取决于我
进口我	famat,multiSight,NoRCE,TimiRGeN
建议我	TRONCO
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	rWikiPathways_1.14.0.tar.gz
Windows二进制	rWikiPathways_1.14.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	rWikiPathways_1.14.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/rWikiPathways
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ rWikiPathways
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/rWikiPathways/
包下载报告	下载数据