rCGH

DOI:10.18129 / B9.bioc.rCGH

此包适用于Bioconductor 3.14版;有关稳定的最新发布版本,请参见rCGH

基于数组的CGH数据分析与可视化的综合管道

Bioconductor版本:3.14

一个全面的管道,用于分析和交互式可视化通过商业或自定义aCGH阵列生成的基因组档案。作为输入,rCGH支持安捷伦双色特征提取文件(.txt),从44到400K, Affymetrix SNP6.0和从ChAS或Affymetrix Power Tools导出的cytoScanHD probeset.txt, cychp.txt和cnchp.txt文件。rCGH还支持自定义数组,只要数据符合预期的格式。该软件包接管了个人基因组轮廓分析所需的所有步骤,从读取文件到轮廓分割和基因注释。这个包还提供了几个可视化函数(静态的或交互式的),以促进个人概要文件的解释。输入文件可以是压缩格式,例如.bz2或.gz。

作者:弗雷德里克·科莫[aut, cre]

维护者:Frederic Commo

引文(从R内,输入引用(“rCGH”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

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文档

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browseVignettes(“rCGH”)

PDF R脚本 使用rCGH包
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews CopyNumberVariationFeatureExtraction预处理软件aCGH
版本 1.24.0
在Bioconductor BioC 3.2 (R-3.2)(6.5年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 R(>= 3.4),方法,统计,utils,图形
进口 plyrDNAcopy晶格ggplot2、网格闪亮的(> = 0.11.1),limmaaffymclustTxDb.Hsapiens.UCSC.hg18.knownGeneTxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGeneTxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGeneorg.Hs.eg.dbGenomicFeaturesGenomeInfoDbGenomicRangesAnnotationDbi平行,IRangesgrDevices,aCGH
链接
建议 BiocStyleknitrBiocGenericsRUnit
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/fredcommo/rCGH
全靠我
进口我 preciseTAD
建议我 excluderanges
链接到我
构建报告

包档案

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源包 rCGH_1.24.0.tar.gz
Windows二进制 rCGH_1.24.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra) rCGH_1.24.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/rCGH
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/rCGH
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/rCGH/
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