qusage

DOI:10.18129 / B9.bioc.qusage

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅qusage。

qusage:定量分析基因的表达

Bioconductor版本:3.14

这个包是一组实现定量分析基因表达(QuSAGE)方法中描述(Yaari g . et al诊断酸Res, 2013)。这是一种新型的基因集浓缩型测试,其目的是提供一个更快,更准确,更容易理解测试基因表达研究。qusage占inter-gene相关性使用方差膨胀因子技术提出的吴et al。(核酸Res, 2012)。此外,而不是简单地评估偏离零假设和一个数字(P值),qusage量化基因集活动与一个完整的概率密度函数(PDF)。从这个PDF, P值和置信区间可以很容易地提取出来。保存PDF还允许因果分析(例如,成对比较基因集活动),同时保持统计可追溯性。最后,虽然qusage兼容个人基因数据从现有的方法(例如,LIMMA) Welch-based方法实现显示提高特异性。QuSAGE包还包括一个混合效应模型的实现,所述(特纳JA et al, BMC生物信息学,2015),和一个荟萃分析的框架中描述(孟H, et al . PLoS第一版杂志。2019)。问题,接触(cbolen1@gmail.com)或克里斯·保伦史蒂文Kleinstein (steven.kleinstein@yale.edu)

作者:克里斯托弗·保伦和Gur Yaari,来自Juilee Thakar,海龙孟,雅各布·特纳,德里克·布兰肯希普和史蒂文Kleinstein

在gmail.com <维护者:克里斯托弗·保伦cbolen1 >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“qusage”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“qusage”)

PDF	R脚本	运行qusage
PDF		参考手册

细节

biocViews	GeneSetEnrichment,ImmunoOncology,微阵列,RNASeq,软件
版本	2.28.0
Bioconductor自	BioC 2.13 (r - 3.0)(8.5年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (> = 2.10),limma(> = 3.14),方法
进口	跑龙套,Biobase,nlme,emmeans,fftw
链接
建议
SystemRequirements
增强了
URL	http://clip.med.yale.edu/qusage
取决于我
进口我	mExplorer
建议我	纳米管,SigCheck
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	qusage_2.28.0.tar.gz
Windows二进制	qusage_2.28.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	qusage_2.28.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/qusage
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ qusage
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/qusage/
包下载报告	下载数据