qrqc

DOI:10.18129 / B9.bioc.qrqc

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅qrqc。

快速阅读质量控制

Bioconductor版本:3.14

快速扫描读取并收集统计基础和质量频率,读取长度,k-mers位置,和频繁的序列。生产统计图形输出用于质量控制管道,和一个可选的HTML质量报告。S4 SequenceSummary对象允许特定的测试和功能写在收集的数据。

作者:文斯水牛

维修工:文斯水牛< vsbuffalo ucdavis.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“qrqc”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“qrqc”)

PDF	R脚本	使用qrqc包收集信息序列的品质
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DataImport,预处理,质量控制,测序,软件,可视化
版本	1.48.0
Bioconductor自	BioC 2.8 (r - 2.13)(11年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	重塑,ggplot2,Biostrings,biovizBase,酿造,xtable,testthat
进口	重塑,ggplot2,Biostrings,biovizBase、图形的方法,plyr,统计数据
链接	Rhtslib(> = 1.15.3)
建议
SystemRequirements	GNU使
增强了
URL	http://github.com/vsbuffalo/qrqc
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	qrqc_1.48.0.tar.gz
Windows二进制	qrqc_1.48.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	qrqc_1.48.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/qrqc
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ qrqc
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/qrqc/
包下载报告	下载数据